大家都是怎么学习Amber的？

Zijian · 发表于 Post on 2022-1-2 17:06:55

想咨询一下大家都是怎么学习Amber的，有没有比较好的资料和培训班可以推荐呀？最近跟着官方的教程自学，发现内容不太连贯，对应的不是最新版本，对小白也不太友好。

Rick000000 · 发表于 Post on 2025-10-24 00:23:18

大头攒毛发表于 2022-4-11 00:18
如果对linux系统完全不懂，怎们办，是要先学一些linux的操作，还是看amber官网教程直接上手？

还是要学习一下linux的基础操作和指令，然后再上手amber

c00jsw00 · 发表于 Post on 2022-4-12 09:20:13

建議從理論上了解一下MD的原理..其實軟體都一樣

chenbq18 · 发表于 Post on 2022-4-12 08:02:32

大头攒毛发表于 2022-4-11 00:18
如果对linux系统完全不懂，怎们办，是要先学一些linux的操作，还是看amber官网教程直接上手？

会几个常见命令就行，以后用的时候再查

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-12 02:36:14

大头攒毛发表于 2022-4-11 00:18
如果对linux系统完全不懂，怎们办，是要先学一些linux的操作，还是看amber官网教程直接上手？

不会linux基本操作你都不知道官网教程中的一些shell中的命令是在干什么、文件在哪、怎么运行Amber，教程的例子重复出来都够呛，更别提搞自己的研究

大头攒毛 · 发表于 Post on 2022-4-11 00:18:15

chenbq18 发表于 2022-1-3 08:23
gromacs amber两者都学过，感觉还是gromacs上手快点，用的人多各种问题很容易找到答案

如果对linux系统完全不懂，怎们办，是要先学一些linux的操作，还是看amber官网教程直接上手？

Zijian · 发表于 Post on 2022-1-5 13:25:11

rpestana94 发表于 2022-1-5 01:32
As far I know, amber is more like email based (we can say like that), so check out the contact pag ...

Ok, thank you.

rpestana94 · 发表于 Post on 2022-1-5 01:32:49

Zijian 发表于 2022-1-3 23:34
Yes, I'm learning the tutorials now, and find there are some command not suitable for Amber21. I d ...

As far I know, amber is more like email based (we can say like that), so check out the contact page in amber, there is a mail where you can ask questions https://ambermd.org/Contact.php

Zijian · 发表于 Post on 2022-1-4 12:35:04

八月的雨季发表于 2022-1-3 15:54
Amber的高级功能多一点，GPU的利用率高

拿小本本先记下来

Zijian · 发表于 Post on 2022-1-4 12:34:01

rpestana94 发表于 2022-1-4 05:04
Amber's tutorial are not so good and some are out of date but are the resource we have, you can keep ...

Yes, I'm learning the tutorials now, and find there are some command not suitable for Amber21. I didn't figure out those problems until I compared the old and new Amber tutorials. It's not friendly to fledglings.
I will keep trying and posting question here, and could you tell me what is "the amber forum" you mentioned?

喵星大佬 · 发表于 Post on 2022-1-4 10:42:01

Zijian 发表于 2022-1-4 10:37
除了Tutirials和Manuals，还有哪些教程？

还不够嘛？大部分功能都写了，但如果一点都不懂原理哪个软件都学不会的

Zijian · 发表于 Post on 2022-1-4 10:37:21

喵星大佬发表于 2022-1-3 16:38
Amber的官方教程那么多都不看的么

除了Tutirials和Manuals，还有哪些教程？

Zijian · 发表于 Post on 2022-1-4 10:35:19

chenbq18 发表于 2022-1-3 08:23
gromacs amber两者都学过，感觉还是gromacs上手快点，用的人多各种问题很容易找到答案

gromacs没有接触过，刚开始学分子动力学，直接学的Amber，目前刚开始，确实能感觉的各种问题很难找到答案，我准备先买一下科音往届的“分子动力学与GROMACS”资料学习一下，希望可以尽快入门吧。

Zijian · 发表于 Post on 2022-1-4 10:31:37

sobereva 发表于 2022-1-2 19:45
参加北京科音分子动力学与GROMACS培训班是最好的上手动力学的渠道
培训介绍：http://www.keinsci.com/work ...

好的，谢谢老师

rpestana94 · 发表于 Post on 2022-1-4 05:04:48

Amber's tutorial are not so good and some are out of date but are the resource we have, you can keep trying and posting question here or in the amber forum. Also check the amber manual, a lot of problem I used to have found the solution in the manual.

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