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[Gaussian/gview] 高斯怎么优化羧酸根等带电荷的基团

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本帖最后由 小蒜泥 于 2022-1-10 15:23 编辑

各位老师,我用高斯计算了一个DA反应,是丙烯酸分子和吡喃酮分子靠近,形成两个C-C键,我是先优化得到了加成后的产物,想从产物倒着扫描两个C-C键拉长的过程,问题是丙烯酸分子的羧基和氧负离子是和Lewis酸Mg2+配位的,但是在扫描过程中发现,Mg2+由于带正电,会和吡喃酮分子中酯基氧原子不断靠近,所以优化的过渡态结构的能量由于Mg和O的相互作用相较反应物和产物很低,和真实情况有差异,想请教各位大神有没有办法控制Mg和O的作用带来的影响?(下图分别是分别优化的Mg-丙烯酸和吡喃酮,以及扫描中的结构和产物)
还有一个问题是,如果只优化产物分子,其中带有羧酸根和羟基负离子,电荷设置为-2,结果O负离子会变为C=O,其他C-C键断开,但如果在羧酸根和氧负上各加一个质子变为中性的,则可以优化得到产物,想问一下有没有办法优化得到带有羧酸根和羟基负离子的结构,谢谢大家!!(如下图最后一张)


mg-pyr.jpg (144.62 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

反应物1

反应物1

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反应物2

反应物2

ts.jpg (197.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

扫描过程中的结构

扫描过程中的结构

product.jpg (204.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

产物

产物

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想优化的阴离子产物

想优化的阴离子产物

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-28 10:07:27 | 只看该作者 Only view this author
WaterMirror 发表于 2022-1-11 14:33
大部分情况下都需要配位饱和,有些很特殊很特殊的情况,才会出现不饱和,一般也就是缺一个配体,具体的例 ...

好的老师,我去看一下学习学习,感谢!

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发表于 Post on 2022-1-11 14:33:22 | 只看该作者 Only view this author
小蒜泥 发表于 2022-1-11 09:24
嗯嗯是的,非常感谢!

大部分情况下都需要配位饱和,有些很特殊很特殊的情况,才会出现不饱和,一般也就是缺一个配体,具体的例子可以看看北大余老师的文章
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-11 09:25:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-11 03:32
你得说清楚原先你怎么算的
局部显离子性的体系是一定要带隐式溶剂模型的,若是在真空下计算没有丝毫意义, ...

我确实没考虑溶剂模型,谢谢sob老师指点!!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-11 09:24:44 | 只看该作者 Only view this author
WaterMirror 发表于 2022-1-11 00:26
Lewis酸参与的反应都需要配位饱和。。。。。。

嗯嗯是的,非常感谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-11 09:24:11 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-1-10 16:30
Mg必须做显式溶剂化,也就是用溶剂分子把Mg的空配位点都饱和掉,且必须用隐式溶剂模型描述第一配位层以外的 ...

以前忽略了这个问题,谢谢老师指点!

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发表于 Post on 2022-1-11 03:32:47 | 只看该作者 Only view this author
你得说清楚原先你怎么算的
局部显离子性的体系是一定要带隐式溶剂模型的,若是在真空下计算没有丝毫意义,至少隐式溶剂能极大地削弱Mg2+和O的相互作用。必要也考虑前面回复里说的给Mg2+带上显式溶剂
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发表于 Post on 2022-1-11 00:26:50 | 只看该作者 Only view this author
Lewis酸参与的反应都需要配位饱和。。。。。。
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发表于 Post on 2022-1-10 16:30:33 | 只看该作者 Only view this author
Mg必须做显式溶剂化,也就是用溶剂分子把Mg的空配位点都饱和掉,且必须用隐式溶剂模型描述第一配位层以外的溶剂
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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