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[新手求助] PCM模型下找到的过渡态在SMD模型中找不到

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本帖最后由 songweiwei 于 2022-1-11 23:56 编辑

老师们,我用M05-2X/6-31+g(d,p) 找一个羟基自由基提取氢的过渡态,溶剂是PCM的条件下有过渡态,但是将PCM换成SMD的情况下就找不到过渡态(没有虚频),这种情况应该怎么处理呢?
PS:找过渡态的时候是用"guess=read geom=check" 读取了溶剂为PCM过渡态的.chk文件。

PCM和SMD文件.zip

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发表于 Post on 2022-1-12 02:53:51 | 只看该作者 Only view this author
你是在默认的水溶剂下做的计算,然而这种情况下羧基应当是COO-的状态

你在PCM下找到的那个过渡态也不像是羟基自由基抽氢的过渡态,可以跑IRC看看,说不定只是OH朝向旋转的过渡态
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发表于 Post on 2022-1-12 01:29:59 | 只看该作者 Only view this author
songweiwei 发表于 2022-1-12 00:07
SMD下没有虚频,但是收敛了。我用的是用SMD做的优化,同时也是在SMD下用双杂化泛函计算的能量。是因为这 ...

溶剂化模型不一样,尤其是SMD考虑了非极性部分,那势能面形状肯定会有所不同把
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-12 00:07:52 | 只看该作者 Only view this author
WaterMirror 发表于 2022-1-11 00:24
SMD下没有虚频,那么收敛到了什么?你是直接拿着PCM下的几何去做优化的吗?是否考察了SMD下的势能面?

SMD下没有虚频,但是收敛了。我用的是用SMD做的优化,同时也是在SMD下用双杂化泛函计算的能量。是因为这个过渡态在SMD下找不到,所以采用了PCM打算找一下过渡态,再读取.chk文件,找SMD下的过渡态。请教一下,这里的SMD势能面指的是什么呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-12 00:02:57 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-1-11 00:15
用PCM的时候,过渡态虚频有多大?活化能有多大?

虚频是-317.55,活化能我没有计算,因为我在计算的过程中用的都是SMD模型,是在找过渡态的时候找不到才用了一下PCM模型找一下过渡态初猜。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-11 23:58:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-11 03:12
两次输出文件压缩后上传,别人一看就知道怎么回事,盲猜不可能给你准确的回复,你还得在别人的不断提示下反 ...

谢谢老师提醒,文件已经上传

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发表于 Post on 2022-1-11 03:12:26 | 只看该作者 Only view this author
两次输出文件压缩后上传,别人一看就知道怎么回事,盲猜不可能给你准确的回复,你还得在别人的不断提示下反复打字描述
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发表于 Post on 2022-1-11 00:24:33 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2022-1-11 00:15:35 | 只看该作者 Only view this author
用PCM的时候,过渡态虚频有多大?活化能有多大?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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