CASTEP或者VASP计算ZnO表面吸附DNT分子（N,N-二硝基甲苯）

ca0yan9

最近文章修改意见中说道需要对吸附在ZnO表面上的DNT分子的吸附作用（DOS，吸附能）等进行计算，可能需要用CASTEP或者VASP进行计算模拟吸附过程，不太懂的地方有：
1、不同与CO，N2等小分子，如何将DNT放置到半导体表面上，
2、是否需要添加层结构，
3、GGA和PBE能够满足要求，
由于比较着急，对CASTEP的用法不太懂，希望大神帮帮忙，

lwj

卡开发发 发表于 2016-12-1 20:54
覆盖度变了，所以吸附计算肯定也得重新做。当然，我也不能排除反应能在高覆盖度情形下进行。

我正在算，如果吸附能变化不大，有的反应能变化应该也不大。谢谢您了

卡开发发

lwj 发表于 2016-12-1 17:08
老师，您好，我建立超胞计算过渡态，吸附密度会降低，是否需要对以前计算的单个CO2分子吸附进行重新计算 ...

覆盖度变了，所以吸附计算肯定也得重新做。当然，我也不能排除反应能在高覆盖度情形下进行。

lwj

卡开发发 发表于 2016-12-1 15:45
不大，只是显示问题，可以通过平移格子的边界来解决这个问题。但是，如果吸附的分子和相邻晶格吸附的分子 ...

老师，您好，我建立超胞计算过渡态，吸附密度会降低，是否需要对以前计算的单个CO2分子吸附进行重新计算？

lwj

卡开发发 发表于 2016-12-1 15:45
不大，只是显示问题，可以通过平移格子的边界来解决这个问题。但是，如果吸附的分子和相邻晶格吸附的分子 ...

谢谢您，我测了一下间距，H、O间距为2.453A，应该存在较强的H键作用，看来我计算用的表面有点小。

卡开发发

lwj 发表于 2016-12-1 11:11
老师，您好，请问如果周期性体系中吸附的原子到盒子外面去了影响大吗？或者说是不是应该换个大的体系计算 ...

不大，只是显示问题，可以通过平移格子的边界来解决这个问题。但是，如果吸附的分子和相邻晶格吸附的分子距离很短，就得换更大的晶格，你可以建立超胞测量一下。

lwj

卡开发发 发表于 2016-10-26 20:02
density mixing的减小不会影响结果，只是一种数值方法而已，这个与初值问题无关。真空层可以取得充分大来 ...

老师，您好，请问如果周期性体系中吸附的原子到盒子外面去了影响大吗？或者说是不是应该换个大的体系计算？

lwj

卡开发发 发表于 2016-10-26 20:02
density mixing的减小不会影响结果，只是一种数值方法而已，这个与初值问题无关。真空层可以取得充分大来 ...

我又试了减小density mixing的charge而不调整表面原子，结果能收敛，有一个结果还正常，但是有几个相近表面结构和bulk模型的变化不到千分之一，不知道是不是软件的问题，我本地算一下试试。

卡开发发

lwj 发表于 2016-10-26 09:37
我就是听您的键density mixing的charge调小了才收敛的，也就是说初始值影响变小了，这对结果影响大吗？另 ...

density mixing的减小不会影响结果，只是一种数值方法而已，这个与初值问题无关。真空层可以取得充分大来消除吸附分子和上表面的相互作用，同时需要进行偶极矩修正。

lwj

卡开发发 发表于 2016-10-25 19:50
无关，磁性结构一般可能都存在这种情况。其实不做调整原则上通过修改density mixing也能够做出来，就是要 ...

我就是听您的键density mixing的charge调小了才收敛的，也就是说初始值影响变小了，这对结果影响大吗？另外您的意思是真空层要大于20A吗？

卡开发发

lwj 发表于 2016-10-25 15:13
如果结果对初始结构十分敏感，是不是参数存在问题啊？我发现优化（001）面就是受初始结构影响很大，觉得 ...

无关，磁性结构一般可能都存在这种情况。其实不做调整原则上通过修改density mixing也能够做出来，就是要反复测试charge和spin会很麻烦而已。

对于DMol3可以取足够大的真空层，计算量增加的量很少，保险起见可以空出这样的距离：吸附物的顶端到盒子顶端20A，这样就差不多了，必要的话可以更大。

lwj

卡开发发 发表于 2016-10-25 12:46
你的系统使用拟合晶体状态方程就能解决，我认为不是大问题。

调整初始结构的话不是必要在文章中交代 ...

如果结果对初始结构十分敏感，是不是参数存在问题啊？我发现优化（001）面就是受初始结构影响很大，觉得有必要再看看指导手册了，对参数再调一调，另外请问真空层厚度测试取得差值一般多大比较合适？

卡开发发

lwj 发表于 2016-10-25 11:19
我的理解是直接切出来的结构恰好是Dmol3不能处理好的一个坎，只要对表面原子稍微合理的调整就可以很好的 ...

直接切出来的结构恰好是Dmol3不能处理好的一个坎

你的系统使用拟合晶体状态方程就能解决，我认为不是大问题。

但是直接手动调没有让人信服的依据

调整初始结构的话不是必要在文章中交代的，这个纯粹是技巧，就和你SCF改变初猜也不必在文章中阐明那样。因为最终还是要做结构优化，所以“原则上”初始结构不同不会影响结构优化最终的结果（之所以说原则上是因为实际上还有数值截断的问题，不同初始结构趋近因此而有些许差异，收敛精度足够高这种差异就会足够小）。

昨天castep算到一半出问题了，就直接拿更新的结构Dmol3优化

CASTEP做出来不见得和DMol3的结果相同，但具体原因我尚不清楚，也许是基函数差异，也许是赝势差异。

lwj

卡开发发 发表于 2016-10-24 22:08
不见得，赝势不同，基组也不同，会有些小差异。

我的理解是直接切出来的结构恰好是Dmol3不能处理好的一个坎，只要对表面原子稍微合理的调整就可以很好的，符合实验的收敛（表面原子向内不收敛，调了几次，幅度不一样，结果也有较大的差异），但是直接手动调没有让人信服的依据，而且不一定能很好的重复，所以通过其他能较好处理这个的模块处理一下就行了，昨天castep算到一半出问题了，就直接拿更新的结构Dmol3优化，现在已经fine精度收敛，再做一个收敛的看看重复性。最后再次感谢您，我都快放弃这个课题了，在这里卡了快1个月了，要不是您的指点，可能真跨不过这道坎。

卡开发发

lwj 发表于 2016-10-24 21:35
感觉Dmol3优化有问题主要是初始结构不好，用castep优化使初始结构变好，后面再用dmol3结果应该也和文献能 ...

不见得，赝势不同，基组也不同，会有些小差异。