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[新手求助] 请教ccsd加速单点计算的技巧

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各位老师,最近审稿人让我用CCSD计算40个原子(C、H、O、Ti)的单点,我测试了CCSD(T)/cc-PVDZ,用了64个核,50G,发现跑了4天才到Iteration Nr.   1。请问各位老师,有什么参数或者方法可以尽快计算完?

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发表于 Post on 2022-1-30 19:14:55 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2022-1-30 10:40
好的,多谢sob老师,不知道ORCA做40个原子的DLPNO-CCSD(T)大概需要多长时间?

看你用什么基组。只能说一般计算条件下结合像样基组计算40个原子的普通闭壳层有机体系没有任何难度。
另外,为了得到更好精度用tightPNO的时候耗时会有大幅提升。
还要注意DLPNO-CCSD(T)是很耗内存的,内存给得不够会失败。

下文里有更多信息,包括精度、耗时等方面的说明
详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能
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北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-1-30 12:16:46 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2022-1-30 10:40
好的,多谢sob老师,不知道ORCA做40个原子的DLPNO-CCSD(T)大概需要多长时间?

DLPNO-CCSD(T)并不像Gaussian那样算CCSD(T)简单写关键词完事,还需要用户了解一些必要的关键词,例如有没写TightPNO, TightSCF/VeryTightSCF, DLPNO-CCSD(T1)、辅助基是否恰当指定 等等会影响计算速度、结果精度,参考《用ORCA做DLPNO-CCSD(T)计算
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2022-1-30 11:43:55 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2022-1-30 10:40
好的,多谢sob老师,不知道ORCA做40个原子的DLPNO-CCSD(T)大概需要多长时间?

很快。四核笔记本算十几个原子(最大是S)不到二十分钟。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-30 10:41:27 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-1-29 23:08
一般来说,凡是理论级别不需要统一的场合,程序都不需要统一;理论级别需要统一的场合,程序也必须统一。 ...

好的,多谢wzkchem5老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-30 10:40:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-29 22:41
没人规定单点相对于优化不能换程序

优化和单点用不同程序是司空见惯,比如Carbon 171,  514 (2021)和C ...

好的,多谢sob老师,不知道ORCA做40个原子的DLPNO-CCSD(T)大概需要多长时间?

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发表于 Post on 2022-1-29 23:08:23 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2022-1-29 15:35
好的,多谢sylar老师,可我的优化计算都用的Gaussian,,,头疼

一般来说,凡是理论级别不需要统一的场合,程序都不需要统一;理论级别需要统一的场合,程序也必须统一。比如结构优化和频率的程序必须统一,但结构优化和单点不需要统一;如果要算吸收光谱的话,结构优化和TDDFT的程序也不需要统一,但是算绝热激发能的话就必须统一,因为此时必须在同一理论级别下做基态结构优化和TDDFT结构优化。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2022-1-29 22:41:24 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2022-1-29 22:35
好的,多谢sylar老师,可我的优化计算都用的Gaussian,,,头疼

没人规定单点相对于优化不能换程序

优化和单点用不同程序是司空见惯,比如Carbon 171,  514 (2021)和Carbon, 187, 78 (2022)里我用Gaussian做wB97XD的几何优化,然后单点用ORCA做DLPNO-CCSD(T)或wB97X-V。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-29 22:36:45 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-1-29 16:02
不要用高斯,高斯不适合算30个原子以上体系的CCSD(T),应该用ORCA做DLPNO-CCSD(T)计算

好的,多谢wzkchem5老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-29 22:36:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-29 14:33
结合cc-pVDZ毫无意义,鲜花插在牛粪上,结果通常还不如双杂化结合cc-pVTZ好。审稿人如果不是理论外行,拿cc ...

多谢sob老师,我写错了,实际上我用的是cc-PVTZ。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-29 22:35:36 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2022-1-29 21:33:35 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2022-1-29 13:33
高对称的也是可以的,C60这种

高斯做CCSD(T)能利用非阿贝尔点群对称性吗?
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-1-29 20:33:14 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-1-29 16:02
不要用高斯,高斯不适合算30个原子以上体系的CCSD(T),应该用ORCA做DLPNO-CCSD(T)计算

高对称的也是可以的,C60这种

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不要用高斯,高斯不适合算30个原子以上体系的CCSD(T),应该用ORCA做DLPNO-CCSD(T)计算
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发表于 Post on 2022-1-29 14:33:00 | 只看该作者 Only view this author
结合cc-pVDZ毫无意义,鲜花插在牛粪上,结果通常还不如双杂化结合cc-pVTZ好。审稿人如果不是理论外行,拿cc-pVDZ应付事,到时候还得被comment
64核才给50GB完全不可思议,仔细看
硬盘速度与内存容量对量子化学计算速度影响的测试
http://sobereva.com/397http://bbs.keinsci.com/thread-7478-1-1.html

倘若审稿人真是让你用CCSD而非CCSD(T),这审稿人基本常识都没有

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