计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 4941|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[建模与可视化] 如何批量输出特定视角的结构图(png格式)?

[复制链接 Copy URL]

32

帖子

0

威望

1626

eV
积分
1658

Level 5 (御坂)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
大家好:
目前采用VASP计算了一些吸附结构,前期一直是采用VESTA输出侧视图与俯视图(png格式)。想通过批量方法减少此类重复性操作,所以请教大家:
  • VESTA能否通过指令直接调用,以png或者其他图片格式输出对应视角的结构;(查阅了VESTA手册,并未找到类似说明)
  • 如果VESTA不行,能够推荐一两款其他软件?


32

帖子

0

威望

1626

eV
积分
1658

Level 5 (御坂)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-2 15:16:16 | 只看该作者 Only view this author
万里云 发表于 2022-1-30 22:51
用ASE:
这段程序把原子绕x轴按照右手定则正向旋转90°,并输出到rotated.png。

谢谢,我研究研究!

421

帖子

4

威望

2934

eV
积分
3435

Level 5 (御坂)

4#
发表于 Post on 2022-1-30 22:51:35 | 只看该作者 Only view this author
用ASE:
  1. from ase.io import read, write

  2. atoms = read("POSCAR", index=-1)
  3. atoms.rotate(90, "x")
  4. write("rotated.png", atoms)
复制代码
这段程序把原子绕x轴按照右手定则正向旋转90°,并输出到rotated.png。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +3 收起 理由
Reason
卡开发发 + 3 GJ!

查看全部评分 View all ratings

32

帖子

0

威望

1626

eV
积分
1658

Level 5 (御坂)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-30 14:44:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-29 21:13
VMD结合自写的批处理脚本可以

谢谢社长 :)

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2022-1-29 21:13:15 | 只看该作者 Only view this author
VMD结合自写的批处理脚本可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-19 18:29 , Processed in 0.188336 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list