计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 4171|回复 Reply: 8
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 计算NMR光谱问题求助

[复制链接 Copy URL]

100

帖子

2

威望

2107

eV
积分
2247

Level 5 (御坂)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
各位老师好
我在拜读了sob老师关于使用Multiwfn计算NMR相关帖子之后,在计算的过程中遇到了如下问题(希望各位老师能够解答,谢谢老师)
以下计算是使用标度法进行计算1H,13C,(B3LYP/6-31G*,SMD隐形溶剂模型,在氯仿下溶剂中)
实验给出的数据:
1H NMR (400 MHz, CDCl3-d1, ppm): δ 13.00 (s, 1H), 10.47 (s, 1H), 8.02 (d, J = 8.0 Hz, 1H), 7.93-7.89 (m, 2H), 7.68 (d, J = 1.6 Hz, 1H), 7.55-7.51 (m, 1H), 7.46-7.42 (m, 1H), 2.39 (s, 3H);
13C NMR (100 MHz, CDCl3-d1, ppm): δ 190.7, 158.5, 151.5, 135.0, 133.1, 132.5, 128.9, 126.8, 125.8, 123.7, 122.3, 121.5, 118.6, 20.3
但是我通过计算,
1H NMR: 7.796, 7.488,7.857, 7.547, 2.366, 11.650, 10.452 相比与实验值给出的8个值,计算值计算出来仅有7个值
13C NMR: 138.711, 149.727, 121.401, 126.669, 125.421, 121.001, 175.928 然而计算C的时候实验值总共是14个值,计算值却算出了15个值
根据上面的情况,是不是对于现在的情况中,标度法不适合当前的情况?(在这个过程中,因为有甲基的存在,因此已经考虑进去磁屏蔽值取平均)
希望能得到老师的解答,谢谢老师(且新年快乐!)


1万

帖子

0

威望

9900

eV
积分
22154

Level 6 (一方通行)

9#
发表于 Post on 2022-2-3 15:53:14 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wzkchem5 于 2022-2-3 16:27 编辑
Lym 发表于 2022-2-3 03:12
老师那我可以通过Multiwfn的设置可以将其分开嘛?还是在文章中说明原因就可以了呢?

说明原因就行了,或者不报理论预测的核磁图、只报计算的化学位移数字
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

100

帖子

2

威望

2107

eV
积分
2247

Level 5 (御坂)

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-3 10:12:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-3 07:55
不要光去看图中的简并峰的数目。
比如H11和H20,从结构图上明显可见是化学不等价的两个氢,只不过由于算出 ...

老师那我可以通过Multiwfn的设置可以将其分开嘛?还是在文章中说明原因就可以了呢?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2022-2-3 07:55:48 | 只看该作者 Only view this author
不要光去看图中的简并峰的数目。
比如H11和H20,从结构图上明显可见是化学不等价的两个氢,只不过由于算出来的化学位移太相近,小于Multiwfn判断简并性的阈值,所以绘图时候归到一起去了。但很可能其它计算模型下,二者差异就没这么小,就成了独立的两个峰了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1万

帖子

0

威望

9900

eV
积分
22154

Level 6 (一方通行)

6#
发表于 Post on 2022-2-2 17:17:57 | 只看该作者 Only view this author
Lym 发表于 2022-2-2 09:03
嗯嗯,老师关于等级核这个问题,这个分子式中含有甲基,这块我已经将原子平均考虑进去了,并且考虑之后的 ...

哦我明白了,你不是直接读的计算出来的化学位移,而是作成图以后再从图上读峰值。这种情况下有可能导致峰的个数不一样的原因是,有两个峰实验上化学位移差得很多,但是计算上因为计算误差偶然导致两个峰合为一个峰。这个是正常的,解决方法是不要作出理论计算的图再读峰值,而是直接用文本编辑器打开输出文件,报那个里面给的化学位移(当然如果出现需要平均的情况,需要手动平均一下)。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

100

帖子

2

威望

2107

eV
积分
2247

Level 5 (御坂)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-2 17:02:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-2 16:46
应当把你的体系的立体结构图给出,把原子序号标出来,别人才能看出Multiwfn给的NMR谱上各个序号都对应什么
...

谢谢老师提醒,我已经把chemical 和degeneracy改正了。
以及立体图和相应的序号放上去了

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2022-2-2 16:46:34 | 只看该作者 Only view this author
应当把你的体系的立体结构图给出,把原子序号标出来,别人才能看出Multiwfn给的NMR谱上各个序号都对应什么
你的NMR图上chemical和degeneracy都拼错了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

100

帖子

2

威望

2107

eV
积分
2247

Level 5 (御坂)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-2 16:03:07 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Lym 于 2022-2-3 10:09 编辑
wzkchem5 发表于 2022-2-2 15:18
给出分子式以及实验指认结果,光这么抽象地看数据看不出什么来
标度法最差只会把化学位移算错,绝不会把峰 ...

嗯嗯,老师关于等级核这个问题,这个分子式中含有甲基,这块我已经将原子平均考虑进去了,并且考虑之后的数值确实和实验值贴近了。
但是个数仍然和实验上的不对应。
实验上给出的数据图:(1H)

理论计算的图:

老师我重新把结构图补充上去了,您再帮我看一下,谢谢您


1万

帖子

0

威望

9900

eV
积分
22154

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2022-2-2 15:18:04 | 只看该作者 Only view this author
给出分子式以及实验指认结果,光这么抽象地看数据看不出什么来
标度法最差只会把化学位移算错,绝不会把峰的个数算错(除非实验上两个峰偶然出现在同一处,被你指认成一个峰了),如果峰的个数和实验不符一定是更加基础的问题,比如活泼氢的考虑方式不对,有的等价核没有平均,等等
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-27 17:23 , Processed in 0.283396 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list