优化结构并进行Merz-Kollman RESP电荷计算的问题

time138

优化结构并进行Merz-Kollman RESP 电荷计算，输入文件如下，已经算了2天了任务还没结束，请交老师可能是什么问题？

%Chk=M596_large_mk.chk
%Mem=3000MB
%NProcShared=4
# B3LYP/6-31G* Integral=(Grid=UltraFine) Opt Pop(MK,ReadRadii)
IOp(6/33=2,6/42=6)

CLR

4  1
H       0  -17.100  -24.165   11.377
C      -1  -17.998  -24.485   10.849
H       0  -17.872  -25.541   10.610
H       0  -18.873  -24.353   11.485
C      -1  -18.194  -23.742    9.532
O      -1  -18.654  -24.320    8.548
N      -1  -17.834  -22.464    9.520
C      -1  -18.079  -21.612    8.365
C      -1  -18.241  -20.157    8.811
C      -1  -18.708  -19.241    7.726
N      -1  -18.053  -18.071    7.404
C      -1  -18.689  -17.472    6.414
N      -1  -19.733  -18.210    6.082
C      -1  -19.766  -19.323    6.886
C      -1  -16.973  -21.711    7.317
O      -1  -17.136  -22.369    6.289
H       0  -17.379  -22.073   10.332
H       0  -19.013  -21.930    7.902
H       0  -18.967  -20.126    9.623
H       0  -17.283  -19.797    9.185
H       0  -18.404  -16.537    5.954
H       0  -20.499  -20.115    6.854
H       0  -17.218  -17.726    7.855
N      -1  -15.846  -21.061    7.585
H       0  -15.673  -20.692    8.342
C      -1  -14.789  -20.919    6.589
H       0  -15.282  -20.638    5.659
H       0  -14.088  -20.146    6.904
C      -1  -14.031  -22.214    6.300
O      -1  -13.504  -22.393    5.202
N      -1  -13.972  -23.114    7.275
H       0  -14.380  -23.042    8.029
C      -1  -13.179  -24.330    7.120
H       0  -12.400  -24.098    6.394
H       0  -12.728  -24.616    8.071
C      -1  -13.987  -25.501    6.564
O      -1  -13.617  -26.085    5.547
N      -1  -15.084  -25.846    7.230
H       0  -15.417  -25.397    7.884
C      -1  -15.821  -27.057    6.879
H       0  -15.108  -27.712    6.379
H       0  -16.208  -27.530    7.782
C      -1  -16.958  -26.831    5.875
O      -1  -17.287  -27.731    5.103
N      -1  -17.555  -25.642    5.875
H       0  -17.359  -24.999    6.411
C      -1  -18.625  -25.344    4.924
H       0  -19.203  -26.261    4.807
H       0  -19.274  -24.553    5.300
C      -1  -18.078  -24.940    3.558
O      -1  -18.644  -25.301    2.527
N      -1  -16.977  -24.193    3.555
H       0  -16.508  -24.025    4.256
C      -1  -16.468  -23.586    2.328
H       0  -17.100  -23.829    1.634
C      -1  -16.382  -22.067    2.495
H       0  -15.844  -21.867    3.277
H       0  -15.920  -21.692    1.729
C      -1  -17.711  -21.393    2.636
N      -1  -18.662  -21.402    1.638
H       0  -18.578  -21.789    0.875
C      -1  -19.723  -20.723    2.037
H       0  -20.500  -20.589    1.544
N      -1  -19.491  -20.267    3.255
C      -1  -18.240  -20.668    3.651
H       0  -17.831  -20.478    4.464
C      -1  -15.102  -24.116    1.882
O      -1  -14.697  -23.890    0.742
N      -1  -14.397  -24.802    2.780
H       0  -14.662  -24.942    3.586
C      -1  -13.089  -25.387    2.471
H       0  -12.688  -25.770    3.409
H       0  -13.196  -26.201    1.754
H       0  -12.381  -24.653    2.087
H       0  -27.418   -8.667    7.582
C      -1  -26.705   -8.680    6.758
H       0  -26.253   -7.693    6.655
H       0  -25.899   -9.377    6.987
C      -1  -27.361   -9.080    5.434
O      -1  -26.685   -9.214    4.415
N      -1  -28.677   -9.275    5.457
H       0  -29.151   -9.249    6.174
C      -1  -29.440   -9.555    4.244
H       0  -28.816   -9.565    3.502
C      -1  -30.125  -10.923    4.331
H       0  -30.415  -11.072    5.245
H       0  -30.922  -10.911    3.779
C      -1  -29.258  -12.066    3.906
N      -1  -29.366  -12.661    2.667
H       0  -29.922  -12.431    2.053
C      -1  -28.483  -13.638    2.570
H       0  -28.359  -14.188    1.830
N      -1  -27.805  -13.701    3.703
C      -1  -28.272  -12.729    4.555
H       0  -27.967  -12.558    5.417
C      -1  -30.485   -8.471    3.995
O      -1  -31.369   -8.636    3.156
N      -1  -30.383   -7.365    4.728
H       0  -29.754   -7.221    5.296
C      -1  -31.360   -6.284    4.619
H       0  -31.842   -6.396    3.648
H       0  -32.099   -6.362    5.416
H       0  -30.901   -5.296    4.645
H       0  -19.126   -8.646    6.096
C      -1  -18.945   -8.387    5.053
H       0  -19.355   -7.398    4.850
H       0  -17.876   -8.347    4.843
C      -1  -19.634   -9.414    4.161
O      -1  -18.983  -10.143    3.411
N      -1  -20.959   -9.456    4.245
H       0  -21.433   -8.852    4.633
C      -1  -21.733  -10.549    3.676
H       0  -21.225  -11.362    3.825
C      -1  -23.092  -10.632    4.373
H       0  -23.011  -10.263    5.266
H       0  -23.727  -10.077    3.893
C      -1  -23.636  -12.022    4.469
N      -1  -22.851  -13.106    4.791
H       0  -22.008  -13.077    4.959
C      -1  -23.596  -14.198    4.802
H       0  -23.298  -15.059    4.989
N      -1  -24.836  -13.857    4.502
C      -1  -24.889  -12.502    4.289
H       0  -25.643  -12.007    4.064
C      -1  -21.928  -10.431    2.166
O      -1  -22.119  -11.438    1.484
N      -1  -21.887   -9.208    1.646
H       0  -21.791   -8.488    2.107
C      -1  -22.006   -9.001    0.206
H       0  -22.898   -9.522   -0.142
H       0  -22.122   -7.943   -0.029
C      -1  -20.786   -9.576   -0.509
O      -1  -20.911  -10.207   -1.559
N      -1  -19.610   -9.358    0.071
H       0  -19.505   -8.884    0.781
C      -1  -18.378   -9.920   -0.467
H       0  -18.305   -9.635   -1.516
H       0  -17.509   -9.526    0.059
C      -1  -18.402  -11.437   -0.365
O      -1  -18.069  -12.141   -1.320
N      -1  -18.800  -11.933    0.802
H       0  -19.101  -11.453    1.449
C      -1  -18.758  -13.361    1.085
H       0  -17.844  -13.645    0.930
C      -1  -19.152  -13.627    2.538
H       0  -18.498  -13.215    3.124
H       0  -20.004  -13.199    2.718
C      -1  -19.256  -15.081    2.869
N      -1  -18.188  -15.945    2.764
H       0  -17.395  -15.727    2.514
C      -1  -18.574  -17.161    3.108
H       0  -18.035  -17.919    3.125
N      -1  -19.856  -17.116    3.423
C      -1  -20.307  -15.828    3.281
H       0  -21.172  -15.525    3.438
C      -1  -19.653  -14.178    0.156
O      -1  -19.246  -15.229   -0.330
N      -1  -20.870  -13.705   -0.089
H       0  -21.189  -12.983    0.251
C      -1  -21.776  -14.414   -0.989
H       0  -21.788  -15.346   -0.719
C      -1  -23.195  -13.857   -0.882
H       0  -23.149  -12.923   -0.624
H       0  -23.614  -13.890   -1.756
C      -1  -24.055  -14.591    0.098
N      -1  -24.774  -15.716   -0.242
H       0  -24.791  -16.078   -1.022
C      -1  -25.434  -16.152    0.816
H       0  -25.991  -16.896    0.842
N      -1  -25.168  -15.350    1.831
C      -1  -24.305  -14.368    1.410
H       0  -23.957  -13.679    1.929
C      -1  -21.289  -14.340   -2.431
O      -1  -21.581  -15.221   -3.238
N      -1  -20.540  -13.287   -2.744
H       0  -20.352  -12.652   -2.196
C      -1  -19.967  -13.125   -4.073
H       0  -20.733  -13.403   -4.797
H       0  -19.678  -12.091   -4.261
H       0  -19.099  -13.774   -4.192
Zn     -1  -20.868  -18.729    3.980
Zn     -1  -26.169  -15.162    3.851

Zn 1.373

Zn 1.373

time138

明白了，谢谢sob老师

sobereva

time138 发表于 2022-2-27 01:21
谢谢老师，下次我一定注意。我是用MPCB.py进行金属配位残基建模，参考的这个教程
http://ambermd.org/tuto ...

机子太慢。无解

加了Integral=(Grid=UltraFine)耗时更高

time138

谢谢老师，下次我一定注意。我是用MPCB.py进行金属配位残基建模，参考的这个教程
http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial20/mcpbpy.htm

结构虽然比较大，但是对重原子进行了冻结，只优化H，我理解计算量可能不大。因为没有更好的机器，只能用个E3的机子算。

附件是输出的LOG文件，请老师看看给点意见。

sobereva

MK电荷和RESP电荷完全是两码事，搞清楚关系

Gaussian根本不支持计算RESP电荷
怎么算RESP电荷仔细看
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

“算了2天了任务还没结束”这种方式提问没意义，输出文件也不给，谁也不知道优化出现了震荡还是怎么回事
这种大小的体系用4核计算极其费劲，找个像样的机子算

sobereva

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“RESP电荷计算”改了，以后务必注意，下次将删帖+扣分处理。