反映VMD1.9.3保存原子数超过99999的gro文件时的一个BUG

波波波 · 发表于 Post on 2022-3-6 18:00:02

这个问题是在保存原子数超过99999的结构为.gro格式时遇到的。vmd保存gro文件时，原子序号会超过99999，导致gro文件不可用。但是保存为pdb格式就没有这个问题。遇到好几次，还以为是我的结构有问题，今天突然搞明白。

波波波 · 发表于 Post on 2022-3-12 22:01:37

lyj714 发表于 2022-3-8 17:37
其实把我觉得他可能想说的是vmd的所见即所得的功能很nice，选择语法选中的同时也可以直接反映到图像上来。 ...

是的，我说的就是这个意思

lyj714 · 发表于 Post on 2022-3-8 17:37:59

本帖最后由 lyj714 于 2022-3-8 17:39 编辑

其实把我觉得他可能想说的是vmd的所见即所得的功能很nice，选择语法选中的同时也可以直接反映到图像上来。当然他说的这个格式问题我觉得不是什么大问题，据我所知vmd1.9.4的alpha版本已经修正了这个bug，实际上vmd的所有格式插件都是动态加载库，我觉得直接进行相应的替换就能够给vmd1.9.3打补丁

fhh2626 · 发表于 Post on 2022-3-8 17:12:33

波波波发表于 2022-3-8 16:29
谢谢提醒，主要是我想选择一部分原子然后保存，这个感觉只有VMD的原子选择语法比较好用。

谁说的
https://docs.mdanalysis.org/stab ... ges/selections.html

波波波 · 发表于 Post on 2022-3-8 16:29:15

fhh2626 发表于 2022-3-6 19:49
不要用VMD转换文件格式，会有很多意想不到的问题

推荐用MDAnalysis或者ParmEd转换格式

谢谢提醒，主要是我想选择一部分原子然后保存，这个感觉只有VMD的原子选择语法比较好用。

fhh2626 · 发表于 Post on 2022-3-6 19:49:59

不要用VMD转换文件格式，会有很多意想不到的问题

推荐用MDAnalysis或者ParmEd转换格式

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[VMD] 反映VMD1.9.3保存原子数超过99999的gro文件时的一个BUG

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