求助：金属蛋白与小分子模拟后的氢键分析问题

sun877469558

首先介绍一下我的模拟方法，我是金属蛋白与小分子的分子动力学模拟，首先用sob老师的超级懒人脚本计算了小分子的RESP2电荷，然后使用AmberTools18的MCPB.py构建金属离子的力场参数，由于我的蛋白是水解酶，所以根据机理推测，催化中心的一个Asp应处于质子化状态，所以将其质子化，除了MCPB.Py调用Gaussian16时，将脚本默认的B3LYP/6-31G*修改为B3LYP/6-31G**外，其余都是按照教程计算，最后得到gmx的top和gro文件（acpype得到），默认的力场就是蛋白Amber ff14sb与小分子GAFF以及TIP3P水模型，并没有对配体加任何限制，能量最小化后，分别100ps的NVT和NPT后，直接进行20ns的MD，然后使用gmx hbond和VMD的hbond分析（distance cut off 3.5），结果gmx hbond平均为0.7个，VMD的hbond分析没有，但是奇怪的是，配体稳定的待在催化口袋中，甚至观察到了一个很有可能的保守水分子，对蛋白与小分子rmsd分析，平均在0.1埃左右。

请问
1.如果配体结合稳定，是不是意味着，对接的姿态合理？
2.蛋白是Alphafold2得到的（global-IDDT=97），拉氏图我觉得还是蛮合理的（88%在允许的范围内），是否需要蛋白结构优化，比如Rosetta的Fast relax
3.不加限制对结果影响有多大，如果配体合理的待在催化口袋，还有必要加限制么？
4.没有氢键稳定应该是不太可能的吧，发生这样的现象也许某一步存在不合理，还请各位老师指点。

下面是蛋白相对于小分子的rmsd以及附件top文件

sobereva

1 是

3 如果你是指配体的位置限制，本来正式的模拟中就不该加

4 在VMD里用Hbonds显示氢键，恰当设置氢键判断阈值（默认的键角阈值太严），肉眼看看氢键形成情况。gmx hbond能判断出氢键而VMD判断不出来也是因为默认判据太严。