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[GROMACS] PF6-阴离子的itp文件

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好久没看论坛了,看到有人问题目相关问题,就回答一下

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求助关于GAFF力场构建PF6-拓扑文件的问题
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=27777&fromuid=19927
(出处: 计算化学公社)


问题:


这幅图来自于上述帖子,可以看出 PF6-呈现出锥形结构,而实际的结构应该为八面体型


原因:

是由于itp文件中angle项出现问题导致。F-P-F有90度和180度的区别,itp文件和力场文件中没弄对,就出现了问题

解决方法:

将设置多余的angle项删掉,修改好力场文件


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发表于 Post on 2025-3-15 15:51:58 | 只看该作者 Only view this author
老师你好
我的阴离子拓扑文件是按用sobtop生成的,我看了一下和sob老师在这个贴子里给的示例也很相近,老师您说的“itp文件和力场文件没弄对,将多余的angle项删除”,请问是删力场文件里面的吗
我的主top文件里引用了这个力场:
#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"  
我也没有在这里面(包括这个力场文件引用的)找到关于F-P-F的angle定义,不知是如何多余的,可以详细说一下吗

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发表于 Post on 2024-8-25 17:41:30 | 只看该作者 Only view this author

谢谢sob老师。

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发表于 Post on 2024-8-25 01:15:39 | 只看该作者 Only view this author
adong 发表于 2024-8-24 11:24
sob老师,像二草酸硼酸锂(LiBOB) 中的BOB阴离子用构建PF6阴离子的力常数全基于Hessian计算得到力场参数合 ...

合适
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-8-24 11:24:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-17 14:24
用Sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)建这种体系拓扑文件轻轻松松,还不会出错,质量又高,照着网 ...

sob老师,像二草酸硼酸锂(LiBOB) 中的BOB阴离子用构建PF6阴离子的力常数全基于Hessian计算得到力场参数合适吗?

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发表于 Post on 2024-8-24 10:56:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-8-24 06:25
我忘了。反正b3lyp/def2tzvp肯定没问题。原则上基组改成带弥散的ma-def2-TZVP更好

感谢sob老师,我再尝试一下。

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发表于 Post on 2024-8-24 06:25:30 | 只看该作者 Only view this author
liuxdhs 发表于 2024-8-23 20:28
sob老师,您好。请问您这PF6-使用的是什么泛函与基组进行几何优化的呢?

我使用b3lyp/def2tzvp做完几 ...

我忘了。反正b3lyp/def2tzvp肯定没问题。原则上基组改成带弥散的ma-def2-TZVP更好
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-8-23 20:28:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-17 14:24
用Sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)建这种体系拓扑文件轻轻松松,还不会出错,质量又高,照着网 ...

sob老师,您好。请问您这PF6-使用的是什么泛函与基组进行几何优化的呢?

我使用b3lyp/def2tzvp做完几何优化与振动分析,电荷与自旋多重度为-1和1。按照sobtop第一例生成itp文件,与您这PF6-的itp文件的参数存在一定的差异,主要表现在bond的k出现负值。同时拟合的RESP电荷也没有您这个好。

并且,此种无机阴离子使用什么泛函和基组比较合适呢?

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发表于 Post on 2023-4-18 21:20:13 | 只看该作者 Only view this author
snljty2 发表于 2023-4-18 20:02
gro文件不记录键连方式,VMD载入后按照原子距离判断的成键。你可以改一下判断成键的阈值,用Dynamic Bond ...

感谢解惑

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发表于 Post on 2023-4-18 20:02:50 | 只看该作者 Only view this author
antimony 发表于 2023-4-18 19:38
想麻烦请问一下,我自己用sobtop建立的和这里放的PF6-.gro文件用vmd打开后都只显示原子不显示键,将其放 ...

gro文件不记录键连方式,VMD载入后按照原子距离判断的成键。你可以改一下判断成键的阈值,用Dynamic Bonds显示,或者鼠标点手动加键。可以参考卢老师博文《谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题

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发表于 Post on 2023-4-18 19:38:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-17 14:24
用Sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)建这种体系拓扑文件轻轻松松,还不会出错,质量又高,照着网 ...

想麻烦请问一下,我自己用sobtop建立的和这里放的PF6-.gro文件用vmd打开后都只显示原子不显示键,将其放入体系运行eq、prod之后也只能显示部分键或仍不显示键(见图)
C:\Users\Administrator\Desktop\PF6-gro.png
C:\Users\Administrator\Desktop\eqgro.png
我感觉是不是显示哪里设置的有问题,望请赐教C:\Users\Administrator\Desktop\eq.gro.png

eq.gro.png (239.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

eq.gro.png

PF6-.gro.png (87.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 27)

PF6-.gro.png

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发表于 Post on 2022-3-17 14:24:04 | 只看该作者 Only view this author
用Sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)建这种体系拓扑文件轻轻松松,还不会出错,质量又高,照着网站上的例子操作立马就构建出来了:

PF6-.itp (4.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 139)
PF6-.top (334 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 70)
PF6-.gro (428 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 73)
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