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[Molclus] molclus调用出错

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在使用molclus调用xtb和gaussian进行计算的时候不能正常进行,具体表现就是,g16和xtb都能分别正常运行,但是在molclus进行调用的时候不能正常使用,gaussian会直接卡住,xtb则会显示下面的报错信息 ,烦请各位老师赐教


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-24 16:41:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-24 14:58
写法和普通输入文件没有任何差异,仅仅把坐标部分替换成[GEOMETRY]就行了

好的好的谢谢sob老师

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发表于 Post on 2022-3-24 14:58:10 | 只看该作者 Only view this author
blankb 发表于 2022-3-23 19:23
感谢老师回复,现在已经找到问题了,重装openmpi就可以了,原因应该是在编译之前没有fortan那个程序,现 ...

写法和普通输入文件没有任何差异,仅仅把坐标部分替换成[GEOMETRY]就行了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-23 19:23:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-22 08:14
量子化学程序ORCA的安装方法
http://sobereva.com/451(http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-1.html ...

感谢老师回复,现在已经找到问题了,重装openmpi就可以了,原因应该是在编译之前没有fortan那个程序,现在已经能正常计算了,另外想要请教sob老师一下,在调用gaussian的时候molclus文件夹中template.gif如果使用混合基组该怎么写啊,在外面正常运行的写法template这里就不能正常运行,格式是按照您在详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入 一文中看到输入的,是不是template有其他的输入方法呢
# B3LYP/gen  em=GD3BJ opt freq

Template file

0 1
[GEOMETRY]         
         
         

         

         





C H N 0
6-31G*
****     
Pd     0
S    1   1.00
      4.8298298780D+05       1.0
S    1   1.00

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发表于 Post on 2022-3-22 08:14:26 | 只看该作者 Only view this author
blankb 发表于 2022-3-21 14:28
sob老师还想再请教一下按照教程调用Gaussian和ORCA得到水环境下的高精度自由能,这个erro正常吗,在外 ...

量子化学程序ORCA的安装方法
http://sobereva.com/451http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-1.html

此文说了ORCA并行运算必须写绝对路径
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发表于 Post on 2022-3-21 14:58:03 | 只看该作者 Only view this author
blankb 发表于 2022-3-21 14:28
sob老师还想再请教一下按照教程调用Gaussian和ORCA得到水环境下的高精度自由能,这个erro正常吗,在外 ...

明显有问题,检查你的输出文件。另外如果你的orca不是单核运算,应该orca指定完整路径,加入PATH是不够的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-21 14:28:10 | 只看该作者 Only view this author

sobereva 发表于 2022-3-21 07:03
我的教程不可能有错误,只看你没严格按照教程做,或者干了多余的事

将Gaussian与Grimme的xtb程序联用 ...

sob老师还想再请教一下按照教程调用Gaussian和ORCA得到水环境下的高精度自由能,这个erro正常吗,在外面测试orca是正常的,可以运行

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-21 14:15:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-21 07:03
我的教程不可能有错误,只看你没严格按照教程做,或者干了多余的事

将Gaussian与Grimme的xtb程序联用 ...

现在就是把那个alias删除还有source那一句删除之后就正常了,gaussian把gv换到主目录之后删除alias就是正常得了,现在已经排除问题了,gaussian没有问题就是计算的很慢之前关闭太早了,在自己电脑运行的应该是配置低导致的,

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发表于 Post on 2022-3-21 07:03:45 | 只看该作者 Only view this author
blankb 发表于 2022-3-20 20:20
感谢sob老师回复,xtb按照您之前的教程是没有办法正常运行的,所以我按照网上找的其他教程加了两句,之 ...

我的教程不可能有错误,只看你没严格按照教程做,或者干了多余的事

将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/421http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html

此文里哪让你用alias了?没有严格照着教程做,就别赖教程。你但凡知道PATH环境变量干什么的、我的教程里为什么那么设置PATH环境变量,就自然知道为什么按我的教程配置完了之后xtb命令一定能用。
alias对于程序里面的调用又不可能生效,怎么可能通过设alias令molclus能调用成功xtb?
别随便乱看网上其它地方的教程,很都有明显错误或者不合理性。

另外,你的Gaussian安装方法也不当,做了多余的事。该怎么装看
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-20 22:07:24 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2022-3-20 21:06
那两行alias没用,source了那个config_env.bash即可,xtb会被自动加入PATH。换一个没有中文名的路径再试 ...

谢谢老师我刚刚试了一下,把source----config_env.bash这一行去掉之后运行就正常了,莫名其妙的错误,可能是有冲突吧,删掉之后我特意重启了一下验证没有输入source之类的命令就能正常运行

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发表于 Post on 2022-3-20 21:06:47 | 只看该作者 Only view this author
blankb 发表于 2022-3-20 20:20
感谢sob老师回复,xtb按照您之前的教程是没有办法正常运行的,所以我按照网上找的其他教程加了两句,之 ...

那两行alias没用,source了那个config_env.bash即可,xtb会被自动加入PATH。换一个没有中文名的路径再试试。强烈不推荐把这些环境变量都写进.bashrc一起加载,冲突概率极大。我记得你写的这些里面就有冲突。
ulimit不要写两遍。要么用Environment Module管理,要么改成一堆bash脚本,每次用哪个source哪个,用完了退出重新登录。要么你把这一堆全都注释掉,每次用哪个就取消哪个的注释,退出重新登录,算完了在注释掉,退出重新登录。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-20 20:20:26 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 blankb 于 2022-3-20 20:22 编辑

sobereva 发表于 2022-3-19 06:36
提示写了,xtb: not found,显然就是xtb没配置好,否则不可能按照当前屏幕上提示的命令运行时无法调用xtb。 ...

感谢sob老师回复,xtb按照您之前的教程是没有办法正常运行的,所以我按照网上找的其他教程加了两句,之后xtb可以在外面正常运行,但是就是无法调用,设置还有xtb的运行情况如下,至于gaussian也没有报错就是在一个位置一直卡着,也不知道是不是在计算但是没有反应我就终止了,

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发表于 Post on 2022-3-19 06:36:19 | 只看该作者 Only view this author
提示写了,xtb: not found,显然就是xtb没配置好,否则不可能按照当前屏幕上提示的命令运行时无法调用xtb。截图里没有体现调用Gaussian的情况,没法说。
molclus调用所有外部程序时候用的命令都显示得清清楚楚,结合提示必然能解决。
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