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[GROMACS] 求助:能量最小化的mdp文件怎么写

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各位老师,我目前初学gromacs,之前组里师兄跑gromacs从来不做能量最小化,都是直接跑,如果有问题就把dt调小一点跑一段,再用正常的dt接着跑。但是我看到论坛里各位大佬都会先做能量最小化,想学习一下,想问下对于已经有了mdp文件的情况下,如果要做能量最小化要怎么做呀,只需要把integrator改了就行吗,谢谢大家。

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发表于 Post on 2024-12-5 20:40:44 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2024-12-5 20:40:02 | 只看该作者 Only view this author
xishaofan 发表于 2024-12-5 20:39
sob老师,生产过程热浴用v-rescale,其对应的tau_t 变不,用0.5还是0.2?

无所谓
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-12-5 20:39:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-5 19:53
又不可能优化到受力精确为0,搞清楚emtol是什么

gen_vel不是什么重要的事。最后能控温到期望的温度就 ...

sob老师,生产过程热浴用v-rescale,其对应的tau_t 变不,用0.5还是0.2?

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发表于 Post on 2024-12-5 19:58:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-5 19:53
又不可能优化到受力精确为0,搞清楚emtol是什么

gen_vel不是什么重要的事。最后能控温到期望的温度就 ...

好的,谢谢sob老师回复!

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发表于 Post on 2024-12-5 19:53:16 | 只看该作者 Only view this author
xishaofan 发表于 2024-12-5 11:17
感谢sob老师回复,我的em.mdp文件如下所示,麻烦sob老师帮我看一下mdp文件是否有误?无误的话,通过该em ...

又不可能优化到受力精确为0,搞清楚emtol是什么

gen_vel不是什么重要的事。最后能控温到期望的温度就完了

热浴始终用v-rescale
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发表于 Post on 2024-12-5 11:17:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-5 01:55
一般没必要设
原子受力不会精确为零(除非你做了极为充分的em),本身残余的受力就会带来加速度、使得原 ...

感谢sob老师回复,我的em.mdp文件如下所示,麻烦sob老师帮我看一下mdp文件是否有误?无误的话,通过该em过程产生的原子受力不会精确为零吗?此时,我的npt平衡完全没必要用gen_vel?
em.mdp
integrator              = steep
emtol                   = 100.00
nsteps                  = 50000
emstep                  = 0.01
;
nstxout                 = 100
nstlog                  = 50
nstenergy               = 50
;
pbc                     = xyz
cutoff-scheme           = Verlet
coulombtype             = PME
rcoulomb                = 1.0
vdwtype                 = Cut-off
rvdw                    = 1.0
DispCorr                = EnerPres
;
constraints             = h-bonds
constraint_algorithm    = LINCS
npt.mdp,修改后的平衡过程npt
tcoupl                  = V-rescale
tc_grps                 = system
tau_t                   = 0.2
ref_t                   = 353
;
pcoupl                  = berendsen
pcoupltype              = semiisotropic
tau_p                   = 0.5
compressibility         = 0 4.5e-5
ref_p                   = 200.0 200.0
;
constraints             = h-bonds
constraint_algorithm    = LINCS
; Velocity generation
gen_vel                 = no   
gen_temp                = 353     
gen_seed                = -1        
pro-npt.mdp,生产模拟的mdp文件
tcoupl                  = Nose-Hoover
tc_grps                 = system
tau_t                   = 0.5
ref_t                   = 353
;
pcoupl                  = parrinello-rahman
pcoupltype              = semiisotropic
tau_p                   = 2.0
compressibility         = 0 4.5e-5
ref_p                   = 200.0 200.0
;
constraints             = h-bonds
constraint_algorithm    = LINCS
; Velocity generation
gen_vel                 = no   
gen_temp                = 353     
gen_seed                = -1        

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发表于 Post on 2024-12-5 01:55:54 | 只看该作者 Only view this author
xishaofan 发表于 2024-12-4 21:44
sob老师,我的体系是油-表面活性剂-水,gaff2力场,resp2电荷,我是如下设置的npt平衡的mdp文件,(1)这 ...

一般没必要设
原子受力不会精确为零(除非你做了极为充分的em),本身残余的受力就会带来加速度、使得原子有速度,然后由于热浴,温度会逐渐上去
就算你非要用gen_vel,也不要直接对应较高温度产生初速度免得上来就崩溃

热浴组别分得那么细碎,但凡耦合强烈的组,诸如Na离子和水,都不要分成不同的控温组,否则会带来人为虚假效应
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发表于 Post on 2024-12-4 21:44:43 | 只看该作者 Only view this author

sob老师,我的体系是油-表面活性剂-水,gaff2力场,resp2电荷,我是如下设置的npt平衡的mdp文件,(1)这种体系初速度也是没必要设置吗?如果不设初速度,体系初速度是由我的热浴V-rescale产生吗?(2)如果要设置,可以麻烦看一下的mdp文件设置正确吗?
integrator              = md
dt                      = 0.002
nsteps                  = 150000000
comm_grps               = system
;
nstxout-compressed      = 50000
nstxout                 = 50000
nstvout                 = 50000
nstfout                 = 50000
nstenergy               = 20000
nstlog                  = 50000
compressed-x-grps       = system
;
pbc                     = xyz
cutoff-scheme           = Verlet
vdwtype                 = Cut-off
rvdw                    = 1.0
coulombtype             = PME
rcoulomb                = 1.0
DispCorr                = EnerPres
;
tcoupl                  = V-rescale
tc_grps                 = DEC H2O SDS NA
tau_t                   = 0.2 0.2 0.2 0.2
ref_t                   = 353 353 353 353
;
pcoupl                  = berendsen
pcoupltype              = semiisotropic
tau_p                   = 0.5
compressibility         = 0 4.5e-5
ref_p                   = 200.0 200.0
;
constraints             = h-bonds
constraint_algorithm    = LINCS
; Velocity generation
gen_vel                 = yes       ; assign velocities from Maxwell distribution
gen_temp                = 353       ; temperature for Maxwell distribution
gen_seed                = -1        ; generate a random seed

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发表于 Post on 2024-12-4 16:48:15 | 只看该作者 Only view this author
xishaofan 发表于 2024-12-3 15:23
sob老师,请问如果em结束直接跑npt平衡,需要加初速度吗?是下面这样设置吗?

gen_vel                ...

通常没必要
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-12-3 15:23:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-21 07:14
不建议照着mdout看,绝大多数里面的参数设置对你来说都是完全没意义的。本来正常情况就应当基于模板文件 ...

sob老师,请问如果em结束直接跑npt平衡,需要加初速度吗?是下面这样设置吗?

gen_vel                 = yes       ; assign velocities from Maxwell distribution
gen_temp                = 353       ; temperature for Maxwell distribution
gen_seed                = -1        ; generate a random seed

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发表于 Post on 2024-3-21 18:06:44 | 只看该作者 Only view this author
JCenter 发表于 2024-3-15 21:19
heatNPT.mdp用于平衡相,使体系的温度、压力达到期望值。MD.mdp是作为产生相在体系温度、压力期望值下用 ...

谢谢您的回复,我最近再算退火的问题不知道您是否了解,冒昧请问就是使用控压Berendsen;控温V-rescale进行NPT后再使用相同的控温控压方法进行退火,退货过程中体系的密度下降极大(1500左右下降到40左右),不知道是否正常,如果不正常请问是什么原因导致的又应该如何解决呢?

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发表于 Post on 2024-3-15 21:19:52 | 只看该作者 Only view this author
gjs 发表于 2024-3-15 21:06
您好,请问您的这个NPT.mdp和成品MD.mdp为什么除了运行时间和控压方式其他都是一样的?新手不太懂,网上 ...

heatNPT.mdp用于平衡相,使体系的温度、压力达到期望值。MD.mdp是作为产生相在体系温度、压力期望值下用于收集数据和进行统计分析的。



目前专攻:
基于DFT、MD模拟的自由能计算
基于过渡态理论的自由能垒和反应速率常数计算
基于MD模拟的交联聚合物计算

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发表于 Post on 2024-3-15 21:06:35 | 只看该作者 Only view this author
JCenter 发表于 2022-8-27 02:29
sob老师,我是gmx小白,我目前在做水油(水与正己烷)两相模拟。看了许多帖子,担心自己做得不对,所以有 ...

您好,请问您的这个NPT.mdp和成品MD.mdp为什么除了运行时间和控压方式其他都是一样的?新手不太懂,网上看了几个例子这两个参数文件确实很相似,这样不就相当于换个控压方式进行续跑吗?

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发表于 Post on 2022-8-27 22:01:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-27 11:07
毫无必要做NVT
mdp我没时间看
搞清楚PBC是什么。根本无需顾虑

好的,非常感谢sob老师。
目前专攻:
基于DFT、MD模拟的自由能计算
基于过渡态理论的自由能垒和反应速率常数计算
基于MD模拟的交联聚合物计算

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