求助gaussian模拟聚合物

xiaobai1 · 发表于 Post on 2022-3-21 09:27:37

请问各位老师，现在需要做一个聚合物耐碱性的研究，包括ESP图，找过渡态，统计自由能等，这种情况我可以画四五个重复单元来替代真实聚合物嘛？如果可以的话，每个重复单元上都有一个被进攻位点，我是不是得画四五个-OH了呢

xiaobai1 · 发表于 Post on 2022-3-22 09:26:08

sobereva 发表于 2022-3-21 13:31
不要当周期性来算

Gaussian的PBC计算极慢，而且此时能用的理论方法、能做的分析都很有限

谢谢sob老师

xiaobai1 · 发表于 Post on 2022-3-22 09:24:20

Yan_njit 发表于 2022-3-21 10:38
PBC对于简单的体系可以用，但对于复杂的体系，作用很小。在利用PBC时有时考虑的参数比较多，而且这方面的 ...

谢谢，我学习学习

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-21 13:31:51

xiaobai1 发表于 2022-3-21 10:12
谢谢sob老师；我早上刚看了一点PBC相关的资料，还没有深入了解，请问sob老师PBC这个模块适不适合做我这样 ...

不要当周期性来算

Gaussian的PBC计算极慢，而且此时能用的理论方法、能做的分析都很有限

Yan_njit · 发表于 Post on 2022-3-21 10:38:50

本帖最后由 Yan_njit 于 2022-3-21 10:41 编辑

xiaobai1 发表于 2022-3-21 10:12
谢谢sob老师；我早上刚看了一点PBC相关的资料，还没有深入了解，请问sob老师PBC这个模块适不适合做我这样 ...

PBC对于简单的体系可以用，但对于复杂的体系，作用很小。在利用PBC时有时考虑的参数比较多，而且这方面的研究也较少，不是很主流。按照你原先的想法做下去就可以，这个想法与簇体系模型类似。这是sob老师以前发的关于PBC的资源帖，希望对你有帮助，Gaussian做PBC计算的入门和提高教程http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 6&fromuid=11475(出处: 计算化学公社)

xiaobai1 · 发表于 Post on 2022-3-21 10:12:31

sobereva 发表于 2022-3-21 10:07
可以
只需要考虑其中一个被进攻时候的情况。毕竟也不是所有位点都同时被进攻

谢谢sob老师；我早上刚看了一点PBC相关的资料，还没有深入了解，请问sob老师PBC这个模块适不适合做我这样的一个体系呢

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-21 10:07:57

可以
只需要考虑其中一个被进攻时候的情况。毕竟也不是所有位点都同时被进攻

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