Gaussian做限制性优化冻结原子的选择问题

uenh1998 · 发表于 Post on 2022-3-21 19:46:06

各位老师好，最近在利用Gaussian做小分子进入位点前后的振动谱分析，打算对进入前后的两个结构做考虑溶剂效应的opt freq计算。位点图已上传（配体小分子没有画），结构是从RCSB数据库里利用VMD选择语句抠出来的，同时保留了与配体作用明显的结晶水。
有个问题是：opt、freq时，需要冻结某些基团。心中有两个答案，一种是冻结位点的C原子骨架；另一种是冻结位点除去氢原子以外的原子，只对氢原子做优化、振动分析计算。。。两种方案还没有权衡好。想问一下各位老师，我应该怎么做。十分感谢！

he_yixin · 发表于 Post on 2022-11-9 02:00:22

uenh1998 发表于 2022-3-22 09:07
谢谢社长，就参考博文冻结骨架C原子了

请问是如何挑选出要冻结的骨架C原子的序号的？由于要冻结的C原子序号不连续，我每次都是手动挑出来，但这样很慢，想请教一下有没有更高效的方法。

uenh1998 · 发表于 Post on 2022-3-22 09:08:26

yjb 发表于 2022-3-21 23:36
我试过差不多体系的做opt freq，我用的是后面一种方法，用的36核，算的时间可能也有13hours，你可以参考一 ...

按社长描述不能冻结全部重原子，所以我只能选择前一种方案了。。

uenh1998 · 发表于 Post on 2022-3-22 09:07:42

sobereva 发表于 2022-3-22 08:49
显然不能把所有重原子都冻住，否则无法表现配体分子和残基之间相互作用导致构象发生的变化
顶多冻骨架重原 ...

谢谢社长，就参考博文冻结骨架C原子了

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-22 08:49:05

显然不能把所有重原子都冻住，否则无法表现配体分子和残基之间相互作用导致构象发生的变化
顶多冻骨架重原子，看此文里的相关讨论
要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597

yjb · 发表于 Post on 2022-3-21 23:36:03

我试过差不多体系的做opt freq，我用的是后面一种方法，用的36核，算的时间可能也有13hours，你可以参考一下。

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