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[GROMACS] 求助:gromacs分子动力学模拟盐酸溶液

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楼主
本帖最后由 yangjunfang 于 2022-3-24 09:19 编辑

各位老师同学,大家好,我想做一个有机小分子在盐酸溶液中的模拟,想法是:先加小分子,再加HCl和水,进行模拟,请问这样可以吗,或者直接在小分子的基础上加HCl分子可以吗?

还有一个问题是HCl的力场建立可以直接用GAFF力场吗?

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发表于 Post on 2023-8-7 20:40:09 | 只看该作者 Only view this author
楼主最后是怎么做的?

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发表于 Post on 2022-4-1 01:04:41 | 只看该作者 Only view this author
bobosiji 发表于 2022-3-30 17:43
好奇问问,真有用classical MD模拟H3O+的么?另外,溶液中H3O+的浓度得和pH一致,pH2或以上的时候,H3O+ ...

100%有人这么干过,但我看没特意搜索过,看过的文章里也没见到这么做的
用H3O+来模拟,原理上其实是很别扭的,毕竟实际水中的质子是不断转移的,而不是一直绑在某个水上的
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发表于 Post on 2022-4-1 01:02:12 | 只看该作者 Only view this author
实验室小灰鼠 发表于 2022-3-30 17:08
老师您好,通过加入氯离子和H3O+的量不同,能达到控制pH的目的进行模拟吗

看具体体系
有的分子,比如酚酞,在不同pH环境下结构都不一样,就显然不可能光靠H3O+的数量来描述pH效应
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发表于 Post on 2022-3-30 17:43:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-24 09:23
还要注意溶质是否有可能在酸性环境下处于被质子化状态

Cl-的参数GAFF直接有,H3O+的拓扑文件可以用sobto ...

好奇问问,真有用classical MD模拟H3O+的么?另外,溶液中H3O+的浓度得和pH一致,pH2或以上的时候,H3O+的个数的是水分子个数除以5500,已经是相当的少,很难sample了吧

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发表于 Post on 2022-3-30 17:08:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-24 09:23
还要注意溶质是否有可能在酸性环境下处于被质子化状态

Cl-的参数GAFF直接有,H3O+的拓扑文件可以用sobto ...

老师您好,通过加入氯离子和H3O+的量不同,能达到控制pH的目的进行模拟吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-24 09:26:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-24 09:23
还要注意溶质是否有可能在酸性环境下处于被质子化状态

Cl-的参数GAFF直接有,H3O+的拓扑文件可以用sobto ...

好的,明白,谢谢您

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-24 09:24:29 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-3-24 09:19
我觉得你应该加入水合氢离子,氯离子
而不是HCL分子

请问这个水合氢离子和氯离子应该怎么加啊

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发表于 Post on 2022-3-24 09:23:24 | 只看该作者 Only view this author
还要注意溶质是否有可能在酸性环境下处于被质子化状态

Cl-的参数GAFF直接有,H3O+的拓扑文件可以用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)很容易地建立
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发表于 Post on 2022-3-24 09:19:41 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 牧生 于 2022-3-24 09:21 编辑

我觉得你应该加入水合氢离子,氯离子
而不是HCL分子
又菜又爱玩

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