求助，有机溶剂+沥青质盒子中，用hbond或vmd统计氢键，氢键数目均为0的问题

Snown · 发表于 Post on 2022-3-26 19:28:03

各位老师好，我所构建的盒子中包括正构烷烃分子、沥青质分子以及芳香溶剂分子。产生项模拟完成后想统计体系中的氢键数目，发现无论使用hbond还是vmd命令氢键数目都为0，但是如果把角度上限提高到40°，距离上限提高到数个纳米（这样的设置是不合理的）则会出现二十个左右氢键。想请教下问题可能出在哪里。谢谢。

Snown · 发表于 Post on 2022-3-29 20:55:13

sobereva 发表于 2022-3-27 11:07
在Graphics - Representation里把显示方式生成Hbond，恰当设置氢键键角和键长判断阈值，直接从图上看氢键怎 ...

谢谢sob老师，用VMD判断阈值确实直观很多

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-27 11:07:41

在Graphics - Representation里把显示方式生成Hbond，恰当设置氢键键角和键长判断阈值，直接从图上看氢键怎么判断的，很容易就能搞明白

另外，你这些体系里都没有电负性大的原子，本身氢键也难以形成。至于C-H...C这种，虽然某些区域某些时刻下VMD按照氢键的几何判据也给你判断出氢键，但在化学上这都不算作氢键

yjb · 发表于 Post on 2022-3-26 23:32:34

我记得是vmd里面的Hydrogen bonds插件来分析氢键，默认的的氢键判断是43.1°而并不是30°

Snown · 发表于 Post on 2022-3-26 22:00:32

是这样，饱和分与芳香分难形成氢键可以理解，但沥青质与沥青质间的氢键在30°，0.35nm范围内也没有生成，这我不知道问题所在了。

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2022-3-26 21:04:23

saturate和aromatic本来就难以形成氢键，asphaltene也得有羟基、氨基、巯基之类的才能形成氢键

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[GROMACS] 求助，有机溶剂+沥青质盒子中，用hbond或vmd统计氢键，氢键数目均为0的问题

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