怎么从Gaussian优化完的out文件中查看具体键长，键角数据

xiali · 发表于 Post on 2022-4-11 18:11:33

怎么从Gaussian优化完的out文件中查看具体键长，键角数据

Alica0222 · 发表于 Post on 2022-9-15 21:43:56

snljty 发表于 2022-4-11 18:24
考虑一下我以前写的程序？
将Gaussian优化任务的轨迹转换成多帧xyz格式的程序
提取Gaussian优化任务最后 ...

您好，特别想知道您这个提取多帧xyz文件中的键长、键角、二面角的程序是怎么运行的，这个东西正是我一直需要但是没解决的问题，希望您能和我联系，非常感谢！

xiali · 发表于 Post on 2022-4-12 15:56:29

sobereva 发表于 2022-4-12 12:47
贴图有问题，我加载不出来你的图

我不知道“目标信息不存在”指什么，不要自己翻译Multiwfn的输出提示 ...

老师，谢谢您，是我的Multiwfn版本问题，已经下载了最新版本，问题解决了，感谢

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-12 12:47:57

xiali 发表于 2022-4-12 10:32
，老师，我按照您的指示输入out文件，提示目标信息不存在，如果输入的fchk文件，会看到原子坐标，没有键 ...

贴图有问题，我加载不出来你的图

我不知道“目标信息不存在”指什么，不要自己翻译Multiwfn的输出提示以免错误的翻译造成误会
你不选Export all internal coodinates当然得不到包含了全部键长键角的txt文件
如果还搞不明白，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-23029-1-1.html里的截图

xiali · 发表于 Post on 2022-4-12 10:32:22

sobereva 发表于 2022-4-12 02:10
难道我说的Multiwfn的Export all internal coodinates功能不是这个目的么？难道这是导出原子笛卡尔坐标？ ...

，老师，我按照您的指示输入out文件，提示目标信息不存在，如果输入的fchk文件，会看到原子坐标，没有键长键角，是不是我优化的时候哪里设置的不对呀

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-12 02:10:36

xiali 发表于 2022-4-12 01:45
老师您好，我按照您说的操作步骤操作后，会得到原子坐标，但其实我是想把优化后的键长键角数据以文本的形 ...

难道我说的Multiwfn的Export all internal coodinates功能不是这个目的么？难道这是导出原子笛卡尔坐标？

cif搞出来的单分子的gjf文件载入Multiwfn，用上述功能，得到所有优化前的键长键角。然后用Gaussian运行gjf，优化任务完成后out文件载入Multiwfn，用上述功能，得到所有优化后的键长键角。求差就知道变了多少。

xiali · 发表于 Post on 2022-4-12 01:45:06

sobereva 发表于 2022-4-11 18:19
GaussView里可以用ruler工具直接量
如果要得到所有的键长键角，把out或fch文件载入Multiwfn（http://sober ...

老师您好，我按照您说的操作步骤操作后，会得到原子坐标，但其实我是想把优化后的键长键角数据以文本的形式批量导出来，您能再指导我一下怎么操作吗？或者我可以按照您说的第二种方法，输入原子序号测量，但使用这种方法还有一个问题是，我实验得到的cif文件里面的分子结构，原子是分类编号的，高斯优化后原子序号是统一编号的，这样的话，如果想比较结构优化前后键长键角的变化就会变的复杂得多，怎么样可以改变优化后的原子序号呢，请求您再指导一下，谢谢啦

QuantumicGuy · 发表于 Post on 2022-4-11 19:22:55

晶体软件Mercury也很好用，键长键角二面角都可以测量

snljty · 发表于 Post on 2022-4-11 18:24:12

考虑一下我以前写的程序？
将Gaussian优化任务的轨迹转换成多帧xyz格式的程序
提取Gaussian优化任务最后一帧的结构，并转成xyz格式的程序
得到xyz文件后，可以用这个程序分析
提取多帧xyz文件中的键长、键角、二面角的程序

啊既然卢老师先发了那这个就没什么意义啦

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-11 18:19:51

GaussView里可以用ruler工具直接量
如果要得到所有的键长键角，把out或fch文件载入Multiwfn（http://sobereva.com/multiwfn），进主功能0，菜单栏选择Tools - Export all internal coodinates，所有内坐标将被导出到一个文本文件里。
在Multiwfn的子功能0里也可以选Tools - Measure geometry输入原子序号测量键长键角二面角。

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