求助：为什么MS数据库中的聚乙烯链和自己构建的聚乙烯链有差异，如何选择？

风起于夏 · 发表于 Post on 2022-4-13 10:06:02

各位前辈，在构建聚乙烯链的时候发现MS数据库中带有聚乙烯链，但是其和自己构建的结构有所不同(先对重复单元进行结构优化后构建的聚乙烯链也不相同)，请问为什么会有这种差异，应该选择哪种方式更为合适，在此感谢前辈的解惑。

风起于夏 · 发表于 Post on 2022-4-13 12:39:42

swordshine 发表于 2022-4-13 12:19
构象问题，一般应该用all-trans构象，能量最低；你自己构建的那个是gauche构象，能量会高一点。

好的，感谢您的解惑，我再了解一下您说的构象

风起于夏 · 发表于 Post on 2022-4-13 12:38:46

AaronO_o 发表于 2022-4-13 11:28
聚乙烯没有立构差异；我认为您和MS构建的模型差异是重复单元中不同头尾原子带来的构象差异，二者是相同的。 ...

是的，我也发现了和您说的一样的现象，但是不知道用哪个，所以就发了这个帖子。

风起于夏 · 发表于 Post on 2022-4-13 12:37:39

牧生发表于 2022-4-13 10:41
你尝试一下找MS自带的聚苯乙烯，然后你就会知道，自己才是可信的。

好的，感谢前辈的解惑

swordshine · 发表于 Post on 2022-4-13 12:19:05

构象问题，一般应该用all-trans构象，能量最低；你自己构建的那个是gauche构象，能量会高一点。

AaronO_o · 发表于 Post on 2022-4-13 11:28:38

聚乙烯没有立构差异；我认为您和MS构建的模型差异是重复单元中不同头尾原子带来的构象差异，二者是相同的。

如果将您的重复单元中紫色标记H原子指定为右下角的那个H原子，我猜测您会得到和MS数据库相同的构象。

牧生 · 发表于 Post on 2022-4-13 10:41:24

你尝试一下找MS自带的聚苯乙烯，然后你就会知道，自己才是可信的。

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