求助：使用RES2电荷替代GAFF原生电荷，模拟完的密度与实验值相差很大

DwyaneWan

最近闲来无事测试了甲醇溶剂的密度，然后RESP2电荷代替了GAFF电荷，发现最后密度结果为812 kg/m^3 （环境温度是298.15 K，压力是1bar）。实验数值的甲醇密度是 786 kg/m^3。然后我顺便测试了用acpype生成GAFF力场文件去模拟了，密度为782 kg/m^3。
我交代下我的模拟步骤：
1.首先在orca中用 RI-B3LYP-D3(BJ)/def2-TZVP对甲醇结构进行了优化，然后用CCSD(T)-F12/cc-pVDZ-F12 with RI分别在甲醇的隐性溶剂的环境和真空环境下计算了单点，然后计算了RESP2电荷。
2.模拟是在gromacs的2020.6的版本下进行的，先能量极小化，再用NPT进行了10ns的预平衡，再用NPT进行了50ns的production simulation，然后算了下密度。
还想请问各位老师我哪里有问题，我把文件都上传了上来。

sobereva

DwyaneWan 发表于 2022-4-17 12:34
谢谢Sob老师， 我一开始用的是B3LYP-D3（BJ）/def2-TZVPP算的。可是密度和实验结果相差比较大。

没具体计算细节没法说
为了排除计算过程不当的因素，直接用我的懒人脚本产生对应乙醇环境下的RESP2(0.5)电荷

DwyaneWan

sobereva 发表于 2022-4-17 03:51
老老实实用B3LYP-D3(BJ)/def2-TZVPP级别算RESP2电荷多好
如果你不懂得什么叫自然轨道、怎么恰当得到含有 ...

谢谢Sob老师， 我一开始用的是B3LYP-D3（BJ）/def2-TZVPP算的。可是密度和实验结果相差比较大。

牧生

http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html

试试这个懒人脚本呢，简单方便又正确

sobereva

DwyaneWan 发表于 2022-4-16 13:03
您好，我是先用 RI-B3LYP-D3(BJ)/def2-TZVP算的，模拟下来的密度不太行，换到RI-wB97X-2-D3(BJ)/def2-QZ ...

老老实实用B3LYP-D3(BJ)/def2-TZVPP级别算RESP2电荷多好
如果你不懂得什么叫自然轨道、怎么恰当得到含有相应级别自然轨道的波函数文件，用双杂化、CCSD(T)完全是费力不讨好，不仅花了更多时间，结果molden文件里只存了参考态波函数，相当于只是个临时性的粗劣的波函数，其质量还远不如B3LYP-D3(BJ)/def2-TZVPP的。
我的RESP/RESP2博文里从来都没建议去用双杂化、后HF来算，如果不是很懂的话不要随意发挥。

DwyaneWan

snljty 发表于 2022-4-16 12:43
你用的Post-HF方法计算的molden没有生成自然轨道，用的是HF级别的正则轨道波函数。先要弄明白Post-HF的原理 ...

您好，我是先用 RI-B3LYP-D3(BJ)/def2-TZVP算的，模拟下来的密度不太行，换到RI-wB97X-2-D3(BJ)/def2-QZVPP再去算了下RESP电荷，最后换到 CCSD(T)-F12/cc-pVDZ-F12 with RI。三次算下来的RESP电荷模拟出来甲醇的密度都和GAFF原生的数据还有实验数据差很多

snljty

你用的Post-HF方法计算的molden没有生成自然轨道，用的是HF级别的正则轨道波函数。先要弄明白Post-HF的原理，参考态波函数是HF级别的，只有能量算出来是Post-HF级别的。