如何计算甲烷/水/甲烷体系中甲烷与水分子间的相互作用

努力学习 · 发表于 Post on 2022-4-21 10:53:29

老师好，我建立了如下图的甲烷/水/甲烷的体系，想计算出甲烷与水之间的分子间相互作用的大小，用gmx energy命令得到下图，我是应该选择2、3、4、5然后加起来分析吗？请各位老师指教一下！

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-22 05:48:12

努力学习发表于 2022-4-21 16:15
你好，我这又出了点错，请问这个gro文件是指能量最小化后的还是nvt后的

无所谓
rerun是对于MD的每一帧来算的，和tpr里记录什么结构没关系

另外，记得用于rerun的mdp里不要用PME，而应当用cutoff方式算静电作用，截断半径尽可能取大减小静电作用计算误差（但不超过盒子最短边长的一半）

努力学习 · 发表于 Post on 2022-4-21 16:15:55

Acee 发表于 2022-4-21 15:51
用gmx grompp生产就行了
gmx grompp -f xx.mdp -c xx.gro -p xx.top -o xx.tpr -n index.ndx

你好，我这又出了点错，请问这个gro文件是指能量最小化后的还是nvt后的

努力学习 · 发表于 Post on 2022-4-21 15:56:33

Acee 发表于 2022-4-21 15:51
用gmx grompp生产就行了
gmx grompp -f xx.mdp -c xx.gro -p xx.top -o xx.tpr -n index.ndx

谢谢，谢谢，我搞出来了

努力学习 · 发表于 Post on 2022-4-21 15:54:47

Acee 发表于 2022-4-21 15:51
用gmx grompp生产就行了
gmx grompp -f xx.mdp -c xx.gro -p xx.top -o xx.tpr -n index.ndx

那个索引文件里是只有甲烷和水两个组吗

Acee · 发表于 Post on 2022-4-21 15:51:12

努力学习发表于 2022-4-21 15:42
你好，那这个命令里不是没有mdp文件和index文件吗

用gmx grompp生产就行了
gmx grompp -f xx.mdp -c xx.gro -p xx.top -o xx.tpr -n index.ndx

努力学习 · 发表于 Post on 2022-4-21 15:42:34

Acee 发表于 2022-4-21 14:14
你这个算的总的能量，你要想水和甲烷之间的相互作用，可以考虑设置能量组，然后再rerun一遍。比如说，在gmx ...

你好，那这个命令里不是没有mdp文件和index文件吗

Acee · 发表于 Post on 2022-4-21 14:14:48

本帖最后由 Acee 于 2022-4-21 14:20 编辑

你这个算的总的能量，你要想水和甲烷之间的相互作用，可以考虑设置能量组，然后再rerun一遍。比如说，在gmx make_ndx中用 r_1 r_2 把水和甲烷定义成两个组。然后在rerun要用的mdp中设置energygrps = r_1 r_2。
用gmx mdrun -v deffnm xx -rerun xx.xtc -ntmpi 进行rerun，再用gmx energy -f xx.edr看相互作用情况，会有Coul-SR r_1-r_2表示静电作用能（不带1-4部分，SR为实空间部分计算的，倒易空间的为LR）之类的。

vc9077 · 发表于 Post on 2022-4-21 11:21:30

8不是Total总能量吗？

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