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[Multiwfn使用咨询] Linux系统下利用Multiwfn进行盆分析时输出盆作为cube文件时出错

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如题,利用Multiwfn处理cube时,进行功能——Basin analysis,在进行-5——Export basins as cube file时出现错误(Segmentation fault core dumped)(PS:进行0可视化时,正常,找到了极值点,可以显示盆)。在linux(Fedora21和CentOS6.5都试过了)下出现图1的错误,而在windows下面运行则正常。我所用的Multiwfn已经是最新版本了,但在Linux系统下仍出现图1的问题。请问老师,这个错误是什么?
链接:http://pan.baidu.com/s/1nusgl5Z 密码:v15f       这个是计算cube的文件。

2016-03-22_203829.jpg (141.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 87)

图1

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-14 22:21:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-14 21:59
和硬盘无关。主要是内存,如果内存实际剩余空间足够大,kernel.shmmax设得也足够大,那就也没什么其它导 ...

roger,好,我知道了,我明天按照老师的思路再弄一下,希望能好使,谢谢老师。
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发表于 Post on 2016-4-14 21:59:59 | 只看该作者 Only view this author
978142355 发表于 2016-4-14 21:13
报告老师,我在电脑上安装上了redhat系统,对于小的*.cub,运行成功了,但是对于大的文件(约100MB)则运 ...

和硬盘无关。主要是内存,如果内存实际剩余空间足够大,kernel.shmmax设得也足够大,那就也没什么其它导致这个问题的原因了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-14 21:13:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-12 23:50
我也没办法,用你的输入文件、你的操作步骤,我这里一点问题没有。
你也可以尝试把basinana.f90里的173 ...

报告老师,我在电脑上安装上了redhat系统,对于小的*.cub,运行成功了,但是对于大的文件(约100MB)则运行就会出现那个core dumped,这说明是文件大小的问题了,但是大的文件出现这个问题是怎么回事,是不是我内存或是硬盘大小设置的不对?(PS:配置的时候都是按照老师的手册中默认进行的,我的home分区是250G)。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-13 20:25:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-12 23:50
我也没办法,用你的输入文件、你的操作步骤,我这里一点问题没有。
你也可以尝试把basinana.f90里的173 ...

恩,老师费心了,不知道是不是在虚拟机中跑不动造成的,我把电脑安上redhat最后再试一试,不行只能在windows下进行了。
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发表于 Post on 2016-4-12 23:50:14 | 只看该作者 Only view this author
978142355 发表于 2016-4-12 16:06
辛苦老师了,过程图片里是我在linux和windows下分别截图做的,同一文件,linux下有问题,而windows正常。 ...

我也没办法,用你的输入文件、你的操作步骤,我这里一点问题没有。
你也可以尝试把basinana.f90里的173行开始的段落以不同方式改写,反复尝试。那个部分是选项-5输出cube文件的。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-12 16:06:08 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 978142355 于 2016-4-12 16:34 编辑
sobereva 发表于 2016-4-12 12:23
你把你的Multiwfn输入文件,完整的操作步骤(最好把屏幕上的输出也都拷到文本文件里附上)都打包发上来我 ...

辛苦老师了,过程图片里是我在linux和windows下分别截图做的,同一文件,linux下有问题,而windows正常。输入文件由于有些大,放在百度云里了。
链接:http://pan.baidu.com/s/1sl7TzQX 密码:3hn6

过程图片.rar

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发表于 Post on 2016-4-12 12:23:18 | 只看该作者 Only view this author
978142355 发表于 2016-4-12 08:51
谢谢老师,上一个版本安装完suse给忘了,Multiwfn安装成功了。不过在最后计算-5的功能时,依旧是Segmenta ...

你把你的Multiwfn输入文件,完整的操作步骤(最好把屏幕上的输出也都拷到文本文件里附上)都打包发上来我再看看
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-12 08:51:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-11 23:04
RHEL系统为什么装suse的包?
只要RHEL在安装时候把库都选全了,就不会有那个问题。

谢谢老师,上一个版本安装完suse给忘了,Multiwfn安装成功了。不过在最后计算-5的功能时,依旧是Segmentation fault(core dumped),仅仅这个-5功能不好使,所有我能装的系统我都已经试过了,我可绝对保证文件是没问题的,因为在windows下-5功能没问题,我有些弄不明白,为什么老师的好使而我的不好使,是不是我还是忘了安装什么东西?
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发表于 Post on 2016-4-11 23:04:22 | 只看该作者 Only view this author
978142355 发表于 2016-4-11 20:44
老师再次打扰一下,Linux基本所有的版本都被我试了一遍,都是这个问题。现在我想最后试一下小红帽的系统 ...


RHEL系统为什么装suse的包?
只要RHEL在安装时候把库都选全了,就不会有那个问题。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-11 20:44:00 | 只看该作者 Only view this author

老师再次打扰一下,Linux基本所有的版本都被我试了一遍,都是这个问题。现在我想最后试一下小红帽的系统,但是遇到如图的问题,我知道缺少那个库,百度谷歌都被我翻了一遍都没找到,假期的时候也咨询过老师如何修改yum源的问题,但是也以失败告终,所以请问老师有没有libxcb-xlib.so.0()(64bit) ?

2016-04-11_204150.jpg (17.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 80)

2016-04-11_204150.jpg
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-4 18:23:51 | 只看该作者 Only view this author

恩,对于Fedora21,老师的Multiwfn仅仅这一个功能出现Core Dumped,其它的都是非常的好的,谢谢老师耐心的讲解和答疑。
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发表于 Post on 2016-4-4 16:41:34 | 只看该作者 Only view this author
978142355 发表于 2016-4-4 15:04
老师按照你的建议,我已经把内存设置到手册中的值了,而且也按照你的建议在low精度格点下弄了,不过依然 ...

也许吧
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-4 15:04:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-4 11:12
我这里没有这个问题,你可以先用H2O这样的小体系在low精度格点下看看能否导出
我把我的输出都拷到附件里了 ...

老师按照你的建议,我已经把内存设置到手册中的值了,而且也按照你的建议在low精度格点下弄了,不过依然是core dumped。老师我用的Linux系统是Fedora21,是不是跟操作系统有关呢?
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发表于 Post on 2016-4-4 11:12:01 | 只看该作者 Only view this author
我这里没有这个问题,你可以先用H2O这样的小体系在low精度格点下看看能否导出
我把我的输出都拷到附件里了,你可以对照看看
1.txt (8.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)
如果没有按照手册2.1.2节设置内存的话先设一下
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