求助ligpargen识别ms建模的pdb文件报错

chaochao · 发表于 Post on 2022-4-25 21:03:50

我采用ms建立了CO2、H2O和CO2水合物的模型，打算用gromacs模拟CO2水合物的生成情况，先用ligpargen获取相应得top文件，发现总是无法得到，后面上传CO2、H2O的pdb或则mol文件，ligpargen都会出现下面这种错误，刚刚入门软件，还不太懂，请不吝赐教。

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-10 23:54:57

gromacs666 发表于 2023-2-10 09:19
老师，你好，新手小白，想问一下，这些专门的力场文件在哪找

搜相关体系计算的文献，都会说明参数的出处。自己把参数写进拓扑文件就完了

gromacs666 · 发表于 Post on 2023-2-10 09:19:55

sobereva 发表于 2022-4-26 07:26
CO2、H2O都有专门现成的力场，显然不该用ligpargen等通用工具产生拓扑文件。专一性力场的准确度比通用参数 ...

老师，你好，新手小白，想问一下，这些专门的力场文件在哪找

牧生 · 发表于 Post on 2022-12-30 20:49:36

faylovesnow 发表于 2022-12-30 18:44
现在想建立油水岩石三相模型，若想用gromacs模拟的话，能简单介绍下如何建模并得到itp文件吗?谢谢

http://sobereva.com/soft/Sobtop

傻瓜操作

faylovesnow · 发表于 Post on 2022-12-30 18:44:48

牧生发表于 2022-4-26 16:57
用ms建立一个盒子，再导出为pdb，用gromacs去模拟，这种做法是不正规的。
packmol花十秒钟就能建立好盒 ...

现在想建立油水岩石三相模型，若想用gromacs模拟的话，能简单介绍下如何建模并得到itp文件吗?谢谢

筛石灰 · 发表于 Post on 2022-12-24 19:28:52

sobereva 发表于 2022-12-23 21:50
就甭想着用M$了，纯粹是走弯路
GROMACS又免费又快一个数量级以上（考虑GPU加速快两个数量级）还灵活百倍

谢谢老师指点

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-23 21:50:58

筛石灰发表于 2022-12-22 14:26
老师您好，请问可以在那里找MS能用的CO2等气体的模型，比如二氧化碳的epm2模型，甲烷的opls-aa模型该怎么 ...

就甭想着用M$了，纯粹是走弯路
GROMACS又免费又快一个数量级以上（考虑GPU加速快两个数量级）还灵活百倍

筛石灰 · 发表于 Post on 2022-12-22 14:26:50

sobereva 发表于 2022-4-26 07:26
CO2、H2O都有专门现成的力场，显然不该用ligpargen等通用工具产生拓扑文件。专一性力场的准确度比通用参数 ...

老师您好，请问可以在那里找MS能用的CO2等气体的模型，比如二氧化碳的epm2模型，甲烷的opls-aa模型该怎么构建啊，我在网上没搜到相关的文件，不知道能不能在Ms里面直接构建

chaochao · 发表于 Post on 2022-4-30 16:28:49

牧生发表于 2022-4-26 21:33
仔细读第6楼的回复。

Multiwfn简直不能太好用，MS不能更非主流。

链接：https://pan.baidu.com/s/1u5KG780N3f-NQCQjTqyPhA
提取码：mz2e
短消息发送达到上线了，我回复在这里了，麻烦你了，感谢

chaochao · 发表于 Post on 2022-4-30 16:24:54

chaochao 发表于 2022-4-26 21:53
好的，多谢，我清楚了

链接：https://pan.baidu.com/s/1u5KG780N3f-NQCQjTqyPhA
提取码：mz2e
短消息发送达到上线了，我回复在这里了，麻烦你了，感谢

chaochao · 发表于 Post on 2022-4-26 21:53:51

牧生发表于 2022-4-26 21:33
仔细读第6楼的回复。

Multiwfn简直不能太好用，MS不能更非主流。

好的，多谢，我清楚了

牧生 · 发表于 Post on 2022-4-26 21:33:17

chaochao 发表于 2022-4-26 17:05
哦哦，好的，那我只用ms建立2×2×2的水合物超晶胞或则一个晶胞可以吗，后面再用packmol建立后面的反应模 ...

仔细读第6楼的回复。

Multiwfn简直不能太好用，MS不能更非主流。

chaochao · 发表于 Post on 2022-4-26 17:05:41

本帖最后由 chaochao 于 2022-4-26 17:06 编辑

牧生发表于 2022-4-26 16:57
用ms建立一个盒子，再导出为pdb，用gromacs去模拟，这种做法是不正规的。
packmol花十秒钟就能建立好盒 ...

哦哦，好的，那我只用ms建立2×2×2的水合物超晶胞或则一个晶胞可以吗，后面再用packmol建立后面的反应模型。但是我还是不知道要修改晶胞pdb文件里面的什么信息，我有把我建立的一个CO2水合物晶胞按照你之前的帖子，用multiwfn调整，但是结果好像不太一样，这是我ms导出的一个晶胞的pdb文件信息

牧生 · 发表于 Post on 2022-4-26 16:57:24

chaochao 发表于 2022-4-26 15:47
牧生同学，你好，你昨天的解答上午我有认真看了，我和你有个不同的地方，我是直接用ms建立好的368个水和6 ...

用ms建立一个盒子，再导出为pdb，用gromacs去模拟，这种做法是不正规的。
packmol花十秒钟就能建立好盒子，而且各种对应关系都很明确，这才是正规操作。

chaochao · 发表于 Post on 2022-4-26 15:47:35

牧生发表于 2022-4-25 22:03
和我当初一样的傻，看我以前的帖子，如有任何疑问，均可在这里面找到答案或者解决思路

http://bbs.keins ...

牧生同学，你好，你昨天的解答上午我有认真看了，我和你有个不同的地方，我是直接用ms建立好的368个水和64个CO2（和你一样）的混合物------2×2×2的CO2水合物超晶胞------368个水和64个CO2的混合物的体系，想研究CO2水合物的生成特性，这种情况下，经你以及其他人的指点，我明白需要将CO2的itp include到top文件下，除此以外，我想咨询你一下：我这种已经搭建好的反应模型的pdb（ms导出），如何去修改pdb文件里面的原子顺序等一些信息呢，此外，我不太明白，pdb文件都是要修改哪些地方才可以满足后续gromacs处理的要求呀（不知道我描述的是否清楚，就是我不太明白由ms导出的pdb文件都需要修改什么地方才可以呀），可能问题十分基础，希望能得到你的回答。[url=]HYDRATE.pdb[/url]

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[GROMACS] 求助ligpargen识别ms建模的pdb文件报错

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