GROMACS使用核数跟多的服务器跑得反而更慢

yjb · 发表于 Post on 2022-4-25 21:53:04

使用相同版本的GROMACS2018.8，跑相同体系的2000个原子的纯蛋白体系MD（隐式溶剂）。

上面四张图，左边是36核跑的，右边是56核跑的。结果速度差很多，不知道究竟是什么原因造成的，请各位老师指导，谢谢！

yjb · 发表于 Post on 2022-4-26 07:34:26

sobereva 发表于 2022-4-26 07:30
发帖时候把图片理顺顺序，恰当位置加上说明，帖子排版乱七八糟，给别人理解造成极大困难

GROMACS的隐式 ...

好的老师，谢谢老师。

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-26 07:30:05

发帖时候把图片理顺顺序，恰当位置加上说明，帖子排版乱七八糟，给别人理解造成极大困难

GROMACS的隐式溶剂模型做得不怎么样，并行化可能也做得比较糟糕，而且支持的计算有效Born半径的方法较少、较老。基本上没人拿GROMACS跑GB模型下的MD。AMBER的GB模型做得比GROMACS强得多，速度快得多，而且还支持GPU加速。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] GROMACS使用核数跟多的服务器跑得反而更慢