关于G16优化分子结构过程中，分子片段脱离的问题

19896216650 · 发表于 Post on 2022-4-27 09:44:33

老师们好，请问在使用G16优化带电体系结构时，分子片段脱离（跑飞了）的问题，具体时间酯基部分的氧和碳链脱离，有什么解决办法吗？

把脱离部分固定好像也不合理。

使用的方法如下：（文件附在下方）
%nprocshared=48
%mem=1GB
%chk=AMPAHNi.chk
# opt=calcall wb97xd/genecp

AMPAHNi

3 1

............
Ni 0
def2TZVP
****
H C N O 0
def2SVP
****

19896216650 · 发表于 Post on 2022-4-27 23:02:45

wzkchem5 发表于 2022-4-27 13:43
Ni有很多空配位点，这些空配位点都会被溶剂分子饱和，这些溶剂分子必须显式考虑。此外还必须加溶剂模型来 ...

好嘞谢谢您我试一下

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-4-27 13:43:27

19896216650 发表于 2022-4-27 04:01
您好。谢谢您的答疑
这个计算体系目前是为了考虑三级胺的质子化作用对镍配位螯合的影响，所以还不能去掉 ...

Ni有很多空配位点，这些空配位点都会被溶剂分子饱和，这些溶剂分子必须显式考虑。此外还必须加溶剂模型来考虑第一配位层以外的溶剂

19896216650 · 发表于 Post on 2022-4-27 11:01:22

Novice 发表于 2022-4-27 10:05
看了下，我觉得是因为你的初始结构不合理。Ni2+和N+R3H确定能形成这样的结构吗？还有就是你的输入文件用了4 ...

您好。谢谢您的答疑
这个计算体系目前是为了考虑三级胺的质子化作用对镍配位螯合的影响，所以还不能去掉。
之前的论文中有加质子之后研究配位结构的。
目前也是在尝试呢

19896216650 · 发表于 Post on 2022-4-27 10:59:20

您好。谢谢您的答疑
这个计算体系目前是为了考虑三级胺的质子化作用对镍配位螯合的影响，所以还不能去掉。
加上质子之后，可以是两配位吧
因为之前优化报错，就加了calcall

北大-陶豫 · 发表于 Post on 2022-4-27 10:36:58

除了应该把三级胺上的质子去掉，你的计算的其它问题：
（1）你确定这里的二价镍是单重态的吗？
（2）叔丁基阳离子本来就稳定，镍离子也是不弱的路易斯酸，所以叔丁基阳离子掉下来也不奇怪。可否把叔丁基改成甲基？
（3）镍上面应该有更多配体吧？否则三配位有点奇怪呢。
（4）优化到极小点没有必要 CalcAll。

北大-陶豫 · 发表于 Post on 2022-4-27 10:23:54

Novice 发表于 2022-4-27 10:05
看了下，我觉得是因为你的初始结构不合理。Ni2+和N+R3H确定能形成这样的结构吗？还有就是你的输入文件用了4 ...

我很赞同，三级胺的氮上加了氢之后就没了孤对电子，没了配位能力，而且带正电的氮显然会排斥带正电的镍。

Novice · 发表于 Post on 2022-4-27 10:05:33

看了下，我觉得是因为你的初始结构不合理。Ni2+和N+R3H确定能形成这样的结构吗？还有就是你的输入文件用了48核，却只给了1GB内存，挺奇怪的。

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