求助：用CP2K跑aimd出现原子跑出盒子边界的情况，该如何处理？

LuLu-Chem · 发表于 Post on 2022-4-28 11:40:55

本帖最后由 LuLu-Chem 于 2022-4-28 17:12 编辑

使用CP2K跑硼酸锂非晶体系aimd时，初始结构里面按照比例放了Li\B\O三种原子，然后共分两步进行，第一步：1273.15K，跑2ps（因为是尝试，所以时间没有设太长）；第二步，初始温度设置为1273.15K，退火温度为273.15K，跑1ps，仍然有原子跑出盒子边界。盒子中间未跑散的部分结构是符合预期的，但如何让所有原子都不跑出盒子呢？请各位老师帮忙看一下

LuLu-Chem · 发表于 Post on 2022-5-4 11:12:18

sobereva 发表于 2022-5-3 11:50
我不知道你的初始结构怎么构建的
如果只是按原子数比例，随便往里面堆积单原子，那肯定不行。比如有些C ...

明白了，谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-3 11:50:50

LuLu-Chem 发表于 2022-5-1 22:40
老师，您说的对，我多跑了一会儿，换了不同的体系，发现还是有原子跑出来了
请教老师，像这种原子跑出来 ...

我不知道你的初始结构怎么构建的
如果只是按原子数比例，随便往里面堆积单原子，那肯定不行。比如有些C彼此离得太近，可能直接就变成C2分子了。这正如同优化单个分子，也不能随便就把原子按数目随便画上去就了事

LuLu-Chem · 发表于 Post on 2022-5-1 22:40:56

sobereva 发表于 2022-4-30 07:27
这不能说明什么，很可能只是巧合
怀疑是截断能方面的问题的话，应当同时提升CUTOFF和REL_CUTOFF再试，或 ...

老师，您说的对，我多跑了一会儿，换了不同的体系，发现还是有原子跑出来了
请教老师，像这种原子跑出来的情况一般考虑有哪些原因导致的呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-30 07:27:49

LuLu-Chem 发表于 2022-4-29 11:07
嗯，明白了老师，我后面不再用这个关键词了。我的目的是实现快速降温，但又要保持体系的稳定性，所以后面 ...

这不能说明什么，很可能只是巧合
怀疑是截断能方面的问题的话，应当同时提升CUTOFF和REL_CUTOFF再试，或者做收敛性测试

LuLu-Chem · 发表于 Post on 2022-4-29 11:07:02

sobereva 发表于 2022-4-29 09:33
TEMPERATURE_ANNEALING是在控温时之前的温度要乘的系数，不是你退火过程的目标温度，你对这个关键词的用法 ...

嗯，明白了老师，我后面不再用这个关键词了。我的目的是实现快速降温，但又要保持体系的稳定性，所以后面考虑采用梯度降温的方式跑。
老师，关于原子跑出盒子边界的问题我调小了REL_CUTOFF值，就不再有原子跑出盒子了，不知道这样是否合理？

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-29 09:33:46

TEMPERATURE_ANNEALING是在控温时之前的温度要乘的系数，不是你退火过程的目标温度，你对这个关键词的用法理解完全错误

LuLu-Chem · 发表于 Post on 2022-4-28 20:42:58

吞木木发表于 2022-4-28 18:44
以下仅个人见解，不一定对，仅供参考。
假如你真的想实现退火的功能，可以考虑ANNEALING这个关键词，不 ...

感谢老师的回复，我去尝试看看。另外，老师发的帖子对我有很大启发，向您学习！

吞木木 · 发表于 Post on 2022-4-28 18:44:52

LuLu-Chem 发表于 2022-4-28 17:33
感谢老师的回复，因为研究的是固态体系，然后需要实现退火这一步，所以就尝试用了这个关键词，刚开始学习 ...

以下仅个人见解，不一定对，仅供参考。
假如你真的想实现退火的功能，可以考虑ANNEALING这个关键词，不过这个关键词仅仅适用于NVE体系，表示的是下一步与上一步温度的比值。这个关键词人为控制性过强，一般不考虑作为数据收集部分。
https://manual.cp2k.org/cp2k-8_2 ... N/MD.html#ANNEALING

而且个人认为温控这一块cp2k做的并不是很好，可能lammps或者vasp更适合你研究这种需要退火的体系

LuLu-Chem · 发表于 Post on 2022-4-28 17:33:21

吞木木发表于 2022-4-28 16:36
https://manual.cp2k.org/cp2k-8_2-branch/CP2K_INPUT/MOTION/MD.html#TEMPERATURE_ANNEALING

Specifies ...

感谢老师的回复，因为研究的是固态体系，然后需要实现退火这一步，所以就尝试用了这个关键词，刚开始学习CP2K有很多不懂的地方，就想尝试下看看结果。想请教老师1273.15K条件下，初始的固体结构应该已经变为熔融态，在这一步应该用什么系综比较合适呢？
还有一个问题，需要退火的这一步，研究体系应该是由熔融态转变为固态的过程，在这一步应该选用什么系综合适呢？退火温度应该通过什么方式设置呢？

吞木木 · 发表于 Post on 2022-4-28 16:36:50

https://manual.cp2k.org/cp2k-8_2-branch/CP2K_INPUT/MOTION/MD.html#TEMPERATURE_ANNEALING

Specifies the rescaling factor for the external temperature.This scheme works only for the Langevin ensemble.
这个TEMPERATURE_ANNEALING关键词，是你这么用的？我很迷惑。
这里不是明确说明，这个关键词只适用LANGEVIN系综？你用的NVT啊

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