gromacs的top文件中是如何体现氢键等非共价相互作用的?

UTM · 发表于 Post on 2022-5-9 21:56:09

请问各位老师和同学，在GROMACS的top文件中使用键长键角二面角等描述了共价键。那么top文件中是怎么体现氢键、范德华力等非共价相互作用的？

UTM · 发表于 Post on 2022-5-10 15:24:30

Frozen-Penguin 发表于 2022-5-10 14:06
静电力只需要两个原子的电荷和距离就可以计算，范德华力也一样，如果用L-J计算范德华力，也只需要两个原子 ...

哦哦明白了，谢谢您的解答。

UTM · 发表于 Post on 2022-5-10 15:24:07

sobereva 发表于 2022-5-10 14:14
一般强度的氢键主要本质是静电作用，见下文。一般的分子力场里，靠原子电荷描述的静电作用（为主）连同Lenn ...

好的，谢谢sob老师。

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-10 14:14:44

一般强度的氢键主要本质是静电作用，见下文。一般的分子力场里，靠原子电荷描述的静电作用（为主）连同Lennard-Jones势描述的范德华作用（为辅，或完全忽略）描述氢键
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-5-10 14:06:06

静电力只需要两个原子的电荷和距离就可以计算，范德华力也一样，如果用L-J计算范德华力，也只需要两个原子的参数和距离就可以计算，所以只要给每个原子标上参数就行了，不用给每一对非键相互作用都单独标参数。

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[GROMACS] gromacs的top文件中是如何体现氢键等非共价相互作用的?

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