求助水化聚酰胺NPT模拟一段时间后聚合物分散了

hymn · 发表于 Post on 2022-5-13 17:43:19

初始模型是通过将两个水盒和含水的聚酰胺膜拼接在一起够成的，经过120ns的npt模拟后，聚酰胺膜变得分散，没有保持初始的聚集状态。
聚酰胺膜在水中会发生溶胀密度会变大但是在这边模拟的状态没有办法和其他文献对上，请问这边该如何解决呢？

naoki · 发表于 Post on 2024-7-23 20:04:19

建模不太对

cgy · 发表于 Post on 2024-7-23 18:03:58

您好，请问您用GAFF力场产生拓扑文件的时候没有缺失键的信息吗，请问您用的哪个软件生成的itp文件，谢谢您

leonardomessi · 发表于 Post on 2022-6-3 18:55:57

你的模型是错的，交联膜必须与镜像也发生交联

hymn · 发表于 Post on 2022-5-25 15:18:38

Seymour 发表于 2022-5-24 16:51
请问交联的聚酰胺力场和初始构型是怎样的呢？

我使用的是GAFF的力场初始构型经过NPT后密度在实验范围内

Seymour · 发表于 Post on 2022-5-24 16:51:43

请问交联的聚酰胺力场和初始构型是怎样的呢？

hymn · 发表于 Post on 2022-5-17 19:46:22

tjuptz 发表于 2022-5-17 10:08
可能交联度不够？

交联度百分之71% 在实验范围内

tjuptz · 发表于 Post on 2022-5-17 10:08:49

hymn 发表于 2022-5-17 09:13
是的

可能交联度不够？

hymn · 发表于 Post on 2022-5-17 09:13:42

tjuptz 发表于 2022-5-13 21:16
你的聚酰胺是交联的吗？

是的

hymn · 发表于 Post on 2022-5-17 09:13:30

sobereva 发表于 2022-5-14 00:27
mdp本身没明显问题
大概率是力场参数问题，或者本来就该如此。搜索相关研究文献了解更多信息，包括现象、 ...

好的谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-14 00:27:49

mdp本身没明显问题
大概率是力场参数问题，或者本来就该如此。搜索相关研究文献了解更多信息，包括现象、参数的合理性。

tjuptz · 发表于 Post on 2022-5-13 21:16:12

你的聚酰胺是交联的吗？

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助水化聚酰胺NPT模拟一段时间后聚合物分散了