pdb2gmx 识别氨基酸名称错误问题

cylqcjx · 发表于 Post on 2022-5-16 13:08:27

请教各位老师

运行pdb2gmx命令时报错（如图）

但是检查输入的.pdb文件第76号是LYS而不是GLY（如下图）。于是在这里卡住了不知道该怎么修正。。

这个.pdb通过pymol引入了几个突变位点，运行pdb2gmx的时候报过原子类型不能被amber99力场识别的问题，通过参照可被识别氨基酸的原子类型信息成功修正了。

但是76号没有突变过，核对了原始的.pdb文件（1jpz)是一样的。

于是就在这里卡住了。。想请教各位这个问题如何解决。

尝试用 -ignh命令继续，但是在最后开始长时间mdrun的时候频繁报blow up类型错误，于是才倒回来重新梳理。

谢谢大家！

ydp111~ · 发表于 Post on 2024-9-30 18:49:47

MOI_001 发表于 2023-12-20 10:26
请问你是用什么方法修正成功的呀？我也报了这个错，现在还没解决

请问您修正成功了吗？我现在也出现了这个报错

MOI_001 · 发表于 Post on 2023-12-20 10:26:01

cylqcjx 发表于 2022-5-20 12:51
谢谢sob老师

仔细检查之后发现是一些格式问题，修正之后已经正常运行了

请问你是用什么方法修正成功的呀？我也报了这个错，现在还没解决

cylqcjx · 发表于 Post on 2022-5-20 12:51:55

sobereva 发表于 2022-5-16 17:19
pdb里残基序号如果不是从1开始连续排的，pdb2gmx报错里的残基号就不是pdb里直接记录的残基号，搞清楚对应关 ...

谢谢sob老师

仔细检查之后发现是一些格式问题，修正之后已经正常运行了

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-16 17:19:27

pdb里残基序号如果不是从1开始连续排的，pdb2gmx报错里的残基号就不是pdb里直接记录的残基号，搞清楚对应关系
残基里原子顺序随意，只看原子名
确保pdb里的残基中没缺重原子

cylqcjx · 发表于 Post on 2022-5-16 16:40:20

附完整的.pdb文件

cylqcjx · 发表于 Post on 2022-5-16 16:38:54

我按照力场里.rtp文件的类型，逐个修正了报错的残基信息，但是pdb2gmx会错误的把23号 ASP识别成HIS，一直报HIS incomplete ring.即使我把整个ASP23删掉了，还是在报错[attachimg]49268
[/attachimg]

请教各位这个情况是bug吗

cylqcjx · 发表于 Post on 2022-5-16 15:52:58

Acee 发表于 2022-5-16 15:09
把有C和O的那两行移动到NZ行的后面

请问 Atom序号需要同时调整吗？刚才试了一下还是报相同的错误

Acee · 发表于 Post on 2022-5-16 15:09:42

本帖最后由 Acee 于 2022-5-20 13:40 编辑

用pdbfixer修复一下试试

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