想再来麻烦sob社长几个问题【高斯优化MOF5+VMD作图】

sysu_chem

Sob社长好，我按照您的文章（DOI: 10.1039/d1cp02805g）将MOF-5进行加氢处理（输入文件在附件中）。我参照SCF不收敛的帖子(http://sobereva.com/61)用高斯优化了几次，一直不收敛。这几次优化过程中的设置参数如下：
第一次优化：
%NProcShared=12
%mem=8GB
%chk=MOF5.chk
#p opt b3lyp/6-311+g(d,p)

第二次：
%NProcShared=12
%mem=16GB
%chk=MOF5.chk
#p opt b3lyp/6-311+g


第三次：
%NProcShared=12
%mem=16GB
%chk=MOF5.chk
#p opt b3lyp/6-31+g SCF=noincfock


第四次：
%NProcShared=12
%mem=16GB
%chk=MOF5.chk
#p opt b3lyp/6-31+g SCF=vshift=400


第五次：
%NProcShared=12
%mem=16GB
%chk=MOF5.chk
#p opt b3lyp/6-31+g SCF=conver=6


这几次优化过程，体系的电荷和自旋多重度都为0和1
想麻烦Sob社长帮我再指点一下细节，看看SCF怎么收敛，谢谢社长。

第二个问题，是关于VMD作图问题的。
将MOF-5.gif给保存为.pdb文件（见附件），利用Multiwfn去画其中一个苯环的Hirshfeld surface，结果如附图所示。不知道为什么是这个样子的图，而且VMD显示的MOF键都断了，麻烦社长和各路大神帮我解答一下，谢谢。

sysu_chem

sobereva 发表于 2022-5-25 04:19
另注意看http://bbs.keinsci.com/thread-13660-1-1.html

谢谢社长耐心解答，感激之情无法言表

sobereva

sysu_chem 发表于 2022-5-24 16:53
Sob社长好，我想再打扰您一下。我按照您的提示重新对MOF5的原子设定了基组和方法（即PBE0/6-31G*（Zn用SDD ...

另注意看http://bbs.keinsci.com/thread-13660-1-1.html

sysu_chem

乐平 发表于 2022-5-24 17:05
PBE0 是文献里的名称

在 Gaussian 里应该写成 PBE1PBE （中间是数字 1 ，不是字母）

嗯嗯好，谢谢老师，记住了

乐平

sysu_chem 发表于 2022-5-24 10:53
Sob社长好，我想再打扰您一下。我按照您的提示重新对MOF5的原子设定了基组和方法（即PBE0/6-31G*（Zn用SDD ...

PBE0 是文献里的名称

在 Gaussian 里应该写成 PBE1PBE （中间是数字 1 ，不是字母）

sysu_chem

Sob社长好，我想再打扰您一下。我按照您的提示重新对MOF5的原子设定了基组和方法（即PBE0/6-31G*（Zn用SDD））来进行结构优化，但是计算结果显示输入文件语法有错误，麻烦Sob社长帮我看看哪里写错了，谢谢社长。

sysu_chem

ChemG 发表于 2022-5-24 11:02
0 1就是对的，因为Zn的d轨道是全充满的状态。建议你优化的时候把周围的甲基都固定住，看到你都是用乙酸封 ...

嗯嗯好的，谢谢老师。我也再试试您的建议，非常感谢

ChemG

sysu_chem 发表于 2022-5-24 10:01
Sob老师好，有个问题忘记问您了。请问自旋多重度我设置的是0和1，请问这个影响大吗？我看了您写的帖子， ...

0 1就是对的，因为Zn的d轨道是全充满的状态。建议你优化的时候把周围的甲基都固定住，看到你都是用乙酸封端的，而且是模拟周期性的结构。说实话你这个结构的原子有点多，三四百了，优化起来着实有点儿费劲儿

sysu_chem

sobereva 发表于 2022-5-22 01:32
没事甭带弥散函数，自找麻烦

试那些没极化函数的基组根本毫无意义，纯粹白浪费时间

Sob老师好，有个问题忘记问您了。请问自旋多重度我设置的是0和1，请问这个影响大吗？我看了您写的帖子，但鉴于基础知识不足，所以自旋多重度的选择不知道如何选择为好。

sysu_chem

sobereva 发表于 2022-5-22 01:32
没事甭带弥散函数，自找麻烦

试那些没极化函数的基组根本毫无意义，纯粹白浪费时间

非常感谢社长耐心指导，我再试试哈，感谢感谢。

sobereva

没事甭带弥散函数，自找麻烦

试那些没极化函数的基组根本毫无意义，纯粹白浪费时间

仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336（http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html）
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

这真是教科书级的乱用弥散函数的反面例子

PBE0/6-31G*（Zn用SDD）优化，SCF不收敛该怎么解决怎么解决，别随便换基组


仔细看
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

这个体系画Hirshfeld surface图没多大意义。黑色要么是操作问题，要么是VMD有问题（PS：拒绝使用VMD 1.9.4非正式版）