vesta或者Ms如何显示出特定原子位点所构成的多面体

莫雨萱 · 发表于 Post on 2022-5-25 10:49:40

如何利用可视化软件将晶胞中特定原子构成的多面体显示出来呢？

eminem · 发表于 Post on 4 day ago

本帖最后由 eminem 于 2024-11-19 21:34 编辑

我在windows 10用vesta大概实现了一下这个需求，感觉这个类似画图还挺好玩的，也简单记录下步骤

哪里设置：Ctrl+B调出成键菜单，侧栏Style选择Polyhedral，（可能需要额外Ctrl+Shift+P在Properties-Polyhedra设置一下显示模式）
本质：显示多面体这个需求在vesta就是设置成键构成你想要的多面体，因此成键能构成封闭空间多面体即可。
例子：看附图，假设期望Au3和Au19构成的多面体相接，因此设置好图中比较笨拙的成键条件即可，两个箭头代表多面体到对应的键集合。

脉冲星射线暴 · 发表于 Post on 2022-9-12 16:50:33

本帖最后由脉冲星射线暴于 2022-9-12 17:58 编辑

MS的话，在xsd前端显示的情况下右键Display Style，Atom选项卡左侧选Polyhedron。还有个免费软件叫VESTA，可以用来画这种图：导入cif然后界面左上角edit-bonds，添加化学键以后勾选Poly就行了

啊这就离谱 · 发表于 Post on 2022-9-2 15:58:30

本帖最后由啊这就离谱于 2022-9-2 16:14 编辑

先build-bonds，建立合理化学键后就可以显示晶体了。调整化学键范围可以改变多面体的显示

莫雨萱 · 发表于 Post on 2022-5-25 18:26:25

Jiongci-21 发表于 2022-5-25 16:15
VESTA里
Objects-properties-polyhedra 不知道能否满足你的需求
然后可以自己调节一下显示的化学系键或者 ...

您好，这个方法我试过了，但是调整后并没有显示出文章那种效果，显示上甚至和没调节前没变化，不知道这是什么原因呀？

Jiongci-21 · 发表于 Post on 2022-5-25 16:15:14

VESTA里
Objects-properties-polyhedra 不知道能否满足你的需求
然后可以自己调节一下显示的化学系键或者原子

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[建模与可视化] vesta或者Ms如何显示出特定原子位点所构成的多面体

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