VMD的错误measure dihed: empty atom index

ZZU_SCU

我要统计聚合物中每一帧的二面角，脚本如下

1. set a [atomselect top "name O1"]
   
2. set l1 [$a get index]
   
3. foreach ind $l1 {
   
4. set b [atomselect top "name H1 and withinbonds 3 of index $ind"]
   
5. set c [atomselect top "name N1 and withinbonds 2 of index $ind"]
   
6. set d [atomselect top "name C4 and withinbonds 1 of index $ind"]
   
7. set l2 [$b get index]
   
8. set l3 [$c get index]
   
9. set l4 [$d get index]
   
10. set tmp [list $ind $l2 $l3 $l4]
    
11. set result [measure dihed $tmp]
    
12. puts "$ind $l2 $l3 $l4 $result"
    
13. }
    
14. puts "All Done!"

复制代码

有空白数据报错，measure dihed: empty atom index就停止了。怎么忽略这些数据呢，继续运行呢？

ZZU_SCU

问题已解决。该脚本测量某一帧中所有酰胺键-NH-CO-的二面角。把最终tcl脚本放出来，请大佬批评指正，和同僚互相学习

1. set a [atomselect top "name O1"]
   
2. set myfile [open Dihedral.dat w]
   
3. set l1 [$a get index]
   
4. foreach ind $l1 {
   
5. set b [atomselect top "name H1 and withinbonds 3 of index $ind"]
   
6. set c [atomselect top "name N1 and withinbonds 2 of index $ind"]
   
7. set d [atomselect top "name C4 and withinbonds 1 of index $ind"]
   
8. if {[$b num]==1 && [$c num]==1 && [$d num]==1} {
   
9. set l2 [$b get index]
   
10. set l3 [$c get index]
    
11. set l4 [$d get index]
    
12. set tmp [list $ind $l2 $l3 $l4]
    
13. #puts $myfile "$ind $l2 $l3 $l4"
    
14. set result [measure dihed $tmp]
    
15. puts $myfile "$ind $l2 $l3 $l4 $result"
    
16. }
    
17. }
    
18. puts "All Done!"

复制代码

ZZU_SCU

sobereva 发表于 2022-6-10 06:55
比如$b num，返回的数值为0就说明没选中任何原子

万分感谢

sobereva

ZZU_SCU 发表于 2022-6-9 10:01
您可以详细说一下哪些命令？我学习一下，使用了llength $tmp=4，好像不能解决问题

比如$b num，返回的数值为0就说明没选中任何原子

ZZU_SCU

sobereva 发表于 2022-6-9 08:02
检测b、c、d是不是空的，是就跳过这一轮

您可以详细说一下哪些命令？我学习一下，使用了llength $tmp=4，好像不能解决问题

sobereva

检测b、c、d是不是空的，是就跳过这一轮