生成任意序列的封端短肽pdb的脚本CappedPeptideBuilder.py

对抗路达摩

脚本概述：可以生成用户指定序列的pdb文件，并在N端加上Fmoc和ACE封闭，在C端加上胺甲基封闭。
脚本使用方法：在命令行界面进入脚本所在目录，输出 python CappedPeptideBuilder.py -s {sequence} -p {path}

使用例：在脚本目录下输入
python CappedPeptideBuilder.py -s KEYIN -p test
此时脚本会在此目录下生成一个叫做test的文件夹，里面包含四个文件:
ACE_KEYIN.pdb 即序列 ACE_KEYIN_NHCH3的pdb结构
Fmoc_KEYIN.pdb, 即序列 Fmoc_KEYIN_NHCH3的pdb结构
KEYIN.pdb和KEYIN2.pdb中间文件，是将本来的序列两端加上两个丙氨酸，在这个例子种为AKEYINA的pdb结构。我们的ACE_KEYIN.pdb和Fmoc_KEYIN.pdb是在这两个结构上加工成的。
脚本生成的结构如下：

如果你想要生成带有NH2封端的结构，只需先生成NHCH3封端的结构并删除其中的C原子然后将N原子的原子类型和残基名称修改与aminoacids.rtp中一致既可（需要你的力场有NH2封端的参数）。

本人主要使用gromacs进行模拟。该脚本产生的ACE封端结构，与Gromacs中的charmm力场和amber力场兼容(测试版本charmm27 charmm36m amber99SB)，可以直接通过pdb2gmx生成对应的gro和top文件。
该脚本生成的Fmoc结构，由于Fmoc并不直接在力场库中，本人所用参数（包括pdb中的原子名称）来源于Phys. Chem. Chem. Phys., 2016, 18, 4659--4667，这篇工作在charmm27力场中参数化了Fmoc，并且给出了具体的参数。在此我将其参数整理于附件中，如果想在gromacs中模拟只需在charmm27力场中按说明修改力场文件（复制粘贴）。(参数也能用于charmm36m中，但未经过验证)。

脚本思路和算法：有空再写

使用中遇到任何问题，尤其是如果脚本出现错误，还请及时告知我。

王涛

楼主你好。请问这个脚本已经考虑了质子化/去质子化了吗？如果没有应该怎么解决呢？我也是使用gromacs进行模拟。
我用楼主您的脚本生成的结构（图1），与用Gabedit生成的肽序列（N段ACE，C段NME，图2）对比，发现Gabedit生成的带有氧双键。我想文教一下楼主，这个氧双键应不应该有呢？
但Gabedit的ACE中的氧为单键氧，我比较疑惑这是正确的吗？我觉得这个氧应该是双键的。
我是材料专业的，刚接触生信，希望楼主不吝赐教。