orca 在超算上运行报错

wwp · 发表于 Post on 2022-6-15 20:37:41

各位老师好，我想在超算上跑orca，一直在报错，麻烦老师看看是哪里出问题了下面是各种截图，谢谢各位老师了

wwp · 发表于 Post on 2022-6-17 11:04:46

agent99 发表于 2022-6-17 02:12
那应该就是openmpi配置的问题了。可以找超算的管理员帮你调试一下，说不定是你自己编译的openmpi有些文件 ...

是我用错了提交脚本改成slurm的就好了

agent99 · 发表于 Post on 2022-6-17 02:12:03

wwp 发表于 2022-6-15 19:20
后来在超算上尝试直接用orca input.inp > out.out 这个命令提交就没有问题可以直接跑起来，这个时候应该 ...

那应该就是openmpi配置的问题了。可以找超算的管理员帮你调试一下，说不定是你自己编译的openmpi有些文件路径没有被slurm识别出来

wwp · 发表于 Post on 2022-6-16 09:20:53

本帖最后由 wwp 于 2022-6-16 09:32 编辑

agent99 发表于 2022-6-16 02:38
感觉是openmpi没有配置好。用openmpi跑其他程序也报错吗？

后来在超算上尝试直接用orca input.inp > out.out 这个命令提交就没有问题可以直接跑起来，这个时候应该是没有用到多核心再跑。当我用sbatch脚本提交的时候就报错

agent99 · 发表于 Post on 2022-6-16 02:38:27

感觉是openmpi没有配置好。用openmpi跑其他程序也报错吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-6-15 22:43:59

wwp 发表于 2022-6-15 13:53
老师您好按您的建议换了一个分子（一氧化碳）跑了一下还是在报错

贴出完整的输出文件

abin · 发表于 Post on 2022-6-15 21:39:48

你先修改为2核心, 4核心, 或者6核心等偶数核心.

如果还该不定, 而且机器支持singularity或者Apptainer,
可以试试我提供的orca镜像.

搜索我的帖子可以找到.

wwp · 发表于 Post on 2022-6-15 20:53:33

wzkchem5 发表于 2022-6-15 20:41
最可能的原因：同目录下有之前同名任务（input.inp）留下的gbw文件，但是你没有删掉input.gbw，把input.inp ...

老师您好按您的建议换了一个分子（一氧化碳）跑了一下还是在报错

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-6-15 20:41:38

最可能的原因：同目录下有之前同名任务（input.inp）留下的gbw文件，但是你没有删掉input.gbw，把input.inp改成了另一个分子然后做计算，程序试图从input.gbw读初猜，但是发现分子结构和当前计算不符，就报错退出了。
解决方法：最好的方法是不要修改一个已经跑过的inp文件来跑一个不相关的任务，每次都写一个新的inp文件。次好的方法是在输入文件里写noautostart，强制不读取gbw里的轨道作为初猜。再次的方法是跑之前把gbw文件删掉。

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