求助：团簇模型研究金属蛋白与小分子相互作用时的几何优化相关问题

sun877469558 · 发表于 Post on 2022-6-15 21:28:34

本帖最后由 sun877469558 于 2022-6-15 21:35 编辑

请问各位，第一次使用g16搞量化计算，有很多问题请教
首先介绍一下我的体系，我是钙离子酶与小分子的复合物体系，然后使用VMD选取了小分子附近5埃的残基侧链和alpha碳以及一个水分子，一个钙离子（水解酶），之后用gv加氢并对边界原子的alpha碳进行冻结。
第一个问题就是，对边界原子进行冻结的时候，看过一篇簇模型计算酶催化机理文章（https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acscatal.0c03758?fig=tgr1&ref=pdf）除了边界残基的alpha碳进行冻结，
还对加的部分氢原子进行固定（如下图所示），有的是对alpha碳提及连接的两个氢进行冻结有的是与alpha连接的三个氢进行冻结，请问这是为什么，冻结的氢的个数有什么影响？

第二个问题是，与小分子有明显相互作用的残基不固定，那么与金属配位的残基是否冻结？

第三个问题是，在初始使用VMD进行簇的选取时候，金属配位残基以及与催化残基是否截取保留alpha碳和侧链还是完整保留残基所有原子？

第四个问题是， opt=cartesian freq b3lyp/genecp em=gd3关键词如此设置，混合基组CHON使用 6-31G**，Ca使用 def2TZVP赝势基组是否合理？

第五个问题是，电荷的设置，由于体系带一个钙离子以及三个质子化残基，那么电荷是不是应该设置为5，由于自旋多重度不会判断，是不是分别计算2，4，6下的能量取最低？

第六个问题是，刚算了一个小时，输出文件显示266钙原子No pseudopotential on this center.但是并没有error而终止任务，请问是我的输入格式有问题还是其他导致?

新人问题有点多，会犯低级错误，请各位老师海涵。

（输入和输出文件附在最下方）

sun877469558 · 发表于 Post on 2022-6-19 22:40:01

本帖最后由 sun877469558 于 2022-6-20 16:18 编辑

agent99 发表于 2022-6-16 02:50
默认的opt没问题的话别用opt=cartesian，会让计算变慢
这么大的体系，freq我不确定能算的动，非必要的话可 ...

好的老师，我已经将关键词改为opt b3lyp/def2SVP em=gd3，并且将所有原子都使用def2svp，并且根据体系质子化状态将分别将电荷和自旋多重度改为4和1进行优化，谢谢指点

lonemen · 发表于 Post on 2022-6-19 22:20:25

乐平发表于 2022-6-19 21:21
那篇文献里用的可视化软件应该就是 VMD

嗯，多谢提醒。看起来也像VMD，但是细节上感觉又比VMD好一些。

乐平 · 发表于 Post on 2022-6-19 21:21:59

lonemen 发表于 2022-6-19 10:29
好的，谢谢指教。当时没太留意到PPT上的信息。
另外，请问您发的那篇文章里，结构的可视化，是用的什么 ...

那篇文献里用的可视化软件应该就是 VMD

sun877469558 · 发表于 Post on 2022-6-19 20:49:37

sobereva 发表于 2022-6-16 10:35
1 截断位点边缘加的氢冻不冻结无所谓

2 没冻结的必要

谢谢sob老师对诸多问题的解答，期待7月培训班开班

lonemen · 发表于 Post on 2022-6-19 20:04:30

sun877469558 发表于 2022-6-19 19:17
可能没有提及，分子可视化我也不清楚，你可以私聊天津工生所盛翔老师问一下，这个论坛他也注册的

好的，好的，多谢提醒！祝顺利！

sun877469558 · 发表于 Post on 2022-6-19 19:17:23

lonemen 发表于 2022-6-19 16:29
好的，谢谢指教。当时没太留意到PPT上的信息。
另外，请问您发的那篇文章里，结构的可视化，是用的什么 ...

可能没有提及，分子可视化我也不清楚，你可以私聊天津工生所盛翔老师问一下，这个论坛他也注册的

lonemen · 发表于 Post on 2022-6-19 16:29:27

sun877469558 发表于 2022-6-19 15:45
sob老师这篇文章有介绍，（http://sobereva.com/597），例如
residue 197 or {sidechain or name CA} an ...

好的，谢谢指教。当时没太留意到PPT上的信息。
另外，请问您发的那篇文章里，结构的可视化，是用的什么软件呢，我在文章中没发现呢？

sun877469558 · 发表于 Post on 2022-6-19 15:45:45

lonemen 发表于 2022-6-18 09:20
您好！我现在也在尝试学习簇模型，请问”VMD选取了小分子附近5埃的残基侧链和alpha碳”的语句是怎么写呢？
...

sob老师这篇文章有介绍，（http://sobereva.com/597），例如
residue 197 or {sidechain or name CA} and same resid as {within 5 of residue 197}

lonemen · 发表于 Post on 2022-6-18 09:20:56

您好！我现在也在尝试学习簇模型，请问”VMD选取了小分子附近5埃的残基侧链和alpha碳”的语句是怎么写呢？
谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-16 10:35:24

1 截断位点边缘加的氢冻不冻结无所谓

2 没冻结的必要

3 除非骨架的alpha碳原子以外的原子和感兴趣的区域有不可忽视的相互作用，否则可以不留着来节约时间

4 同2L

5 很靠外的精氨酸根本没必要留着，还有很多残基都可以去掉来节约时间。这体系里又没过渡金属，不可能是高自旋

6 根本不是报错

agent99 · 发表于 Post on 2022-6-16 02:50:34

默认的opt没问题的话别用opt=cartesian，会让计算变慢
这么大的体系，freq我不确定能算的动，非必要的话可以去掉
混合基组没必要，Ca不需要赝势，全用def2svp就行
自旋多重度是1，你的体系里没有过渡金属，也没有自由基，不会有未成对电子

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