GROMACS离子液体阴阳离子插入

liu129313 · 发表于 Post on 2022-6-21 21:40:15

有人看过sob老师的这个帖子吗（http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ8），这里对sob老师说的把阴阳离子的拓扑文件分开生成，但是阴阳离子对作为一个整体来插入一直不理解，不明白如何把阴阳离子对当成一个整体来插入，这个操作在gromacs中具体如何操作呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-4 03:19:22

liu129313 发表于 2022-6-22 15:06
我在插入的时候结构用的是阴阳离子在一起的，但是这样结构文件中的原子序号和我的itp文件中的原子序号就不 ...

只需要原子顺序统一，甭管原子名是否相同

[ molecules ]部分阴阳离子交替出现，每个的数目都是1，使之和结构文件一致。
要么用grep把建模后的结构文件里的阳离子提出来，再把阴离子提出来，再把两个文件合并

liu129313 · 发表于 Post on 2022-6-22 15:06:10

我在插入的时候结构用的是阴阳离子在一起的，但是这样结构文件中的原子序号和我的itp文件中的原子序号就不一致了，例如在阳离子中第一个C原子序号为C1，但是在结合状态的阴阳离子中阳离子的第一个C序号为C16，运行的时候说参数不匹配一种报错，这个问题怎么解决呢？

liu129313 · 发表于 Post on 2022-6-22 13:34:16

好的谢谢

Jotaro · 发表于 Post on 2022-6-22 12:59:17

插入结构用阴阳离子在一起的，是为了防止局部明显带电。一起插入的时候相当于整点不显电
主top里include阴离子、阳离子

牧生 · 发表于 Post on 2022-6-22 08:20:14

include两个就可以的

liu129313 · 发表于 Post on 2022-6-21 23:41:26

卢老师我想问一下，在把结合状态的阴阳离子当成单一结构文件提供给程序的时候，由Ambertool分别生成的阴离子和阳离子的itp文件需要手动合并成一个itp文件然后在include到主拓扑文件里吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-21 22:33:52

那是网页，不是帖子

packmol或gmx insert-molecules的时候把结合状态的阴阳离子对当做单一结构文件提供给程序

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[GROMACS] GROMACS离子液体阴阳离子插入