求助：关于分子表面静电势分布问题

beijudw · 发表于 Post on 2022-6-23 17:17:00

各位老师好，我在使用Multiwfn+VMD绘制分子表面静电势分布时发现一个问题，如下图，按道理来说N的孤对电子方向所对应的静电势应该是相对较为蓝色（图2），但是这里图1显示偏白色，猜测可能相比于图2，由于N的吸引更强使得-OH更加靠近N的孤对电子方向（距离减少了），造成静电势升高，所以想请问各位老师，有什么办法能得到合适的静电势分布，比如调节显示范围减少静电势产生的叠加影响？或者其他的方法？或者猜测不正确，有其他的原因导致？

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-25 16:33:44

乐平发表于 2022-6-24 20:35
是不是可以将 isovalue 增大，让静电势的表面更靠近分子。这样会降低颜色之间的干扰以“显得”颜色更集中？

通常不太合适，静电势的跨空间效应比较明显。而且电子密度等值面取大的话，还会导致等值面更贴近原子核，使得电子效应展现得不那么充分

beijudw · 发表于 Post on 2022-6-24 21:04:08

乐平发表于 2022-6-24 20:35
是不是可以将 isovalue 增大，让静电势的表面更靠近分子。这样会降低颜色之间的干扰以“显得”颜色更集中？

好的我去尝试一下，谢谢

乐平 · 发表于 Post on 2022-6-24 20:35:33

是不是可以将 isovalue 增大，让静电势的表面更靠近分子。这样会降低颜色之间的干扰以“显得”颜色更集中？

beijudw · 发表于 Post on 2022-6-23 21:39:07

sobereva 发表于 2022-6-23 17:57
只能调整构象，使得OH部分朝向别处

好的谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-23 17:57:39

只能调整构象，使得OH部分朝向别处

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