怎样在gaussian16的fchk或者log文件里读取轨道序号？

Alizzard · 发表于 Post on 2022-6-30 10:03:00

最近在编写一些脚本提取结果，但是不知道高斯计算完的轨道序号在那里读取。
特此求助
谢谢！

PS：Multiwfn可以看到，但是我要读取出来给变量赋值。所以还是需要直接读到轨道序号。

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-30 20:30:18

Multiwfn载入fch文件，进主功能6的选项3，会把所有轨道信息清清楚楚列出来：
Basic information of all orbitals:
Orb:    1 Ene(au/eV): -19.138047 -520.7727 Occ: 2.000000 Type:A+B
Orb:    2 Ene(au/eV): -0.997376    -27.1400 Occ: 2.000000 Type:A+B
Orb:    3 Ene(au/eV): -0.514852    -14.0098 Occ: 2.000000 Type:A+B
Orb:    4 Ene(au/eV): -0.371177    -10.1002 Occ: 2.000000 Type:A+B
Orb:    5 Ene(au/eV): -0.291987    -7.9454 Occ: 2.000000 Type:A+B
Orb:    6 Ene(au/eV):    0.065333    1.7778 Occ: 0.000000 Type:A+B
Orb:    7 Ene(au/eV):    0.151203    4.1145 Occ: 0.000000 Type:A+B
Orb:    8 Ene(au/eV):    0.756610    20.5884 Occ: 0.000000 Type:A+B
Orb:    9 Ene(au/eV):    0.805636    21.9225 Occ: 0.000000 Type:A+B
Orb: 10 Ene(au/eV):    0.891332    24.2544 Occ: 0.000000 Type:A+B
Orb: 11 Ene(au/eV):    0.893621    24.3167 Occ: 0.000000 Type:A+B
Orb: 12 Ene(au/eV):    1.015534    27.6341 Occ: 0.000000 Type:A+B
Orb: 13 Ene(au/eV):    1.175632    31.9906 Occ: 0.000000 Type:A+B

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2022-6-30 18:11:46

Alizzard 发表于 2022-6-30 17:22
完整的轨道序号和相应的特征值、轨道能量如何提取？

Alpha Orbital Energies 下面，第1个数就是1号轨道能量，第2个数就是2号轨道能量。

特征值是指什么？

Alizzard · 发表于 Post on 2022-6-30 17:22:49

本帖最后由 Alizzard 于 2022-6-30 17:31 编辑

zjxitcc 发表于 2022-6-30 15:38
如果你有啥问题就具体问，最好截图展示原始数据，再表明你想实现啥

目前你说的“Alpha这个数缺失是占 ...

完整的轨道序号和相应的特征值、轨道能量如何提取？

zjxitcc · 发表于 Post on 2022-6-30 15:38:59

Alizzard 发表于 2022-6-30 15:30
看了下，Alpha这个数缺失是占据轨道数
但是这里没有其他信息。
后面的波函数数据目前还不知道怎么和轨 ...

如果你有啥问题就具体问，最好截图展示原始数据，再表明你想实现啥

目前你说的“Alpha这个数缺失是占据轨道数”、“但是这里没有其他信息”这些描述我都看不懂

有些语句感觉还有语病

Alizzard · 发表于 Post on 2022-6-30 15:30:57

zjxitcc 发表于 2022-6-30 10:16
打开fch文件肉眼看一遍就知道了，很简单的
Charge
Multiplicity

看了下，Alpha这个数缺失是占据轨道数
但是这里没有其他信息。
后面的波函数数据目前还不知道怎么和轨道序号对应上。

zjxitcc · 发表于 Post on 2022-6-30 10:16:26

本帖最后由 zjxitcc 于 2022-6-30 10:20 编辑

Alizzard 发表于 2022-6-30 10:13
但是要知道占据数、特征等等这些
log里有一小部分，不全。fchk里不知道在哪看

打开fch文件肉眼看一遍就知道了，很简单的
Charge
Multiplicity
Number of basis functions
Number of independent functions
Alpha Orbital Energies
Alpha MO coefficients
这些都是字面意思。注意：通常的RHF/DFT计算得到的轨道（即正则轨道），轨道占据数是没存在fch里的（因为这是显然的，轨道占据数只有2,1,0三种可能，不用做量子化学计算，只需知道体系总电子数和总分子轨道数，就知道双占据轨道、单占据轨道、空轨道数目分别是多少）。Alpha Orbital Energies这里通常记录的是Alpha轨道能量。而当显式通过关键词产生自然轨道、并存进fch文件时，Alpha Orbital Energies这里的数据会被Gaussian替换成自然轨道占据数（此时本来就没有轨道能量，所以不如替换成轨道占据数）。

Alizzard · 发表于 Post on 2022-6-30 10:13:19

zjxitcc 发表于 2022-6-30 10:10
啥意思？轨道序号不就是正整数1,2,3,4,...要啥读取？

但是要知道占据数、特征等等这些
log里有一小部分，不全。fchk里不知道在哪看

zjxitcc · 发表于 Post on 2022-6-30 10:10:19

啥意思？轨道序号不就是正整数1,2,3,4,...要啥读取？

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