求助N原子点位和酸性溶剂结合的表示方法

QuantumicGuy · 发表于 Post on 2022-7-2 11:53:22

请问老师，我研究的体系为pi共轭含有吩恶嗪结构的分子，实验上我实现了加酸（CF3COOH(TFA), 三(五氟苯基)硼烷(TPFB)）的调控，请问我在计算时显式考虑TPFB、质子化考虑TFA合理吗（Fig.1）

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-4 01:37:29

QuantumicGuy 发表于 2022-7-3 18:14
老师，我按照您的建议把TFA分子加上了，并在wB97XD/6-31G(d,p) opt freq计算了如下图两种质子化结合方式 ...

对于精度要求不太高的计算，可以；对于精度要求很高的计算，需要两个都算然后取Boltzmann平均。
此外，建议在更高精度下算单点能，再加上你现在算出来的自由能校正，再比较。不然有一定概率会把哪个自由能更低判断错。

QuantumicGuy · 发表于 Post on 2022-7-4 01:14:10

wzkchem5 发表于 2022-7-2 14:51
质子化建议把TFA负离子也加上

老师，我按照您的建议把TFA分子加上了，并在wB97XD/6-31G(d,p) opt freq计算了如下图两种质子化结合方式，均无虚频，左侧分子结合方式能量更低一些（G(T)左_-2864.031810＜G(T)右_-2864.030045），是不是基于左侧这个分子结构做后续的计算就可以了，谢谢老师！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-2 14:51:55

质子化建议把TFA负离子也加上

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[新手求助] 求助N原子点位和酸性溶剂结合的表示方法

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