如何随机生成不同排列组合的芳香环和环烷环的分子结构

mol · 发表于 Post on 2022-7-5 21:29:01

本帖最后由 mol 于 2022-7-5 21:30 编辑

诸位前辈好，小弟最近在研究沥青质的结构，想生成一批芳香环和环烷环全部排列组合的分子模型，请问是否有好的方法，譬如借助openbable或者SMILE之类。
譬如打算生成包括4个芳香环和4个环烷环的分子结构，如下图：

mol · 发表于 Post on 2022-7-6 19:49:33

风起~ 发表于 2022-7-6 15:28
Extension and Quantification of the Fries Rule and Its Connection to Aromaticity: Large-Scale Valida ...

谢谢前辈指点，我看汪老师文章里set1中的520个分子想必是通过程序生成的

Frank · 发表于 Post on 2022-7-6 18:32:55

GAN和diffusion model搞起来

风起~ · 发表于 Post on 2022-7-6 15:28:42

Extension and Quantification of the Fries Rule and Its Connection to Aromaticity: Large-Scale Validation by Wave-Function-Based Resonance Analysis
应该和你的需求比较匹配
https://zhuanlan.zhihu.com/p/108624077 这个也可以，但是弄清楚语法稍微有些麻烦

mol · 发表于 Post on 2022-7-6 08:34:27

风起~ 发表于 2022-7-5 21:36
我提供一个思路，首先是八个环的排列可以手动搞，还不算多。。。
用rdkit写个函数def addH()加H，循环分子 ...

多谢，目前打算尽量都程序化，目前就卡在如何生成环的结构上了

风起~ · 发表于 Post on 2022-7-5 21:36:44

本帖最后由风起~ 于 2022-7-5 21:42 编辑

我提供一个思路，首先是八个环的排列可以手动搞，还不算多。。。
用rdkit写个函数def addH()加H，循环分子中的环，给其中四个加H

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