欲用GMX做共价MD，但一直报错Fatal error: in .rtp file in residue atoms at line

邓仰福

    请教下各位老师，共价对接（反应位点cys）后的文件保存为UNK.pdb文件，想用gmx做共价MD，首先截取蛋白cys前后的两个氨基酸即Asp-Cys-Ile，resp后获取残基的拓扑文件，将拓扑文件整理为rtp文件([atoms]等字段下是去除了封端后的)。把rtp和hdb文件拷贝到对应的力场文件夹amber99sb-ildn.ff下。    一直报错Fatal error: in .rtp file in residue atoms at line:  CT    C1    1    -0.2432047909 ，怀疑 gaff力场的原子类型导致的，改为amber力场下的原子类型还是一样的报错！这该如何解决呢

邓仰福

Acee 发表于 2022-7-7 09:26
了解一下，rtp的基本写法再做，原子类型在第二列，原子名称在第一列，其次是电荷，最后是序号。

Fatal error:
in .rtp file in residue atoms at line:
      C1   CT   -0.2432047909      1

您好，该顺序后还是一样的报错

Acee

了解一下，rtp的基本写法再做，原子类型在第二列，原子名称在第一列，其次是电荷，最后是序号。