Forcite模块优化后，水分子极性太显著了，基材也被优化乱了！

文申的量子化学 · 发表于 Post on 2022-7-13 12:51:03

目前我想在镁合金基体上吸附一些有机分子，建完模，想用forcite模块优化一下结构，做个分子动力学模拟，但是优化完后结构就这样了，SOb社长快来救救5.目前有机分子已跑castep优化，具体参数如下。

文申的量子化学 · 发表于 Post on 2022-7-14 22:28:07

wzkchem5 发表于 2022-7-14 22:21
要注意文献研究的是什么过程。比如可能是非水相反应，或者虽然是水相但是是Mg刚放进水里发生的过程，而不 ...

老师，我查了查貌似好像有游离的Mg2+离子,但是没说怎么表面怎么吸附的，也没说如何中和表面正电离子

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-14 22:21:15

文申的量子化学发表于 2022-7-14 13:21
老师你好，关于镁的文献，我看的几乎都是镁单质表面吸附，我再多找点文献看看

要注意文献研究的是什么过程。比如可能是非水相反应，或者虽然是水相但是是Mg刚放进水里发生的过程，而不是已经放进去至少几秒钟以后发生的过程。再者，文献如果知道Mg表面是Mg(OH)2，那么可能写文章写的就是底物在Mg(OH)2表面的吸附，你查Mg表面根本查不到这些文献。

文申的量子化学 · 发表于 Post on 2022-7-14 22:21:02

wzkchem5 发表于 2022-7-14 22:19
检查每个原子的形式电荷分别是多少。搞不好你这里的Mg都是+2价而不是0价，所以才导致的水分子极化

要是表面都是2价的镁，如何改成0价呢？直接可以用charge改吗

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-14 22:19:17

文申的量子化学发表于 2022-7-14 13:19
你好老师，请问力场指定电荷什么意思，今天又重复建了一次，发现依然水分子极化朝向，请大佬再给说一下

检查每个原子的形式电荷分别是多少。搞不好你这里的Mg都是+2价而不是0价，所以才导致的水分子极化

文申的量子化学 · 发表于 Post on 2022-7-14 20:21:37

wzkchem5 发表于 2022-7-14 19:48
此外，注意在水存在下，镁合金表面应该是Mg(OH)2。虽然Mg整体和水反应成Mg(OH)2需要煮沸，但是Mg的表面是室 ...

老师你好，关于镁的文献，我看的几乎都是镁单质表面吸附，我再多找点文献看看

文申的量子化学 · 发表于 Post on 2022-7-14 20:19:22

ABetaCarw 发表于 2022-7-13 18:08
建议自己多找几篇文献看看人家是怎么搭建类似模型的
建议给基底材料连上键然后冻结底层
建议看看各部分 ...

你好老师，请问力场指定电荷什么意思，今天又重复建了一次，发现依然水分子极化朝向，请大佬再给说一下

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-14 19:48:25

此外，注意在水存在下，镁合金表面应该是Mg(OH)2。虽然Mg整体和水反应成Mg(OH)2需要煮沸，但是Mg的表面是室温下就可以瞬间和水反应的。所以Mg表面应该按Mg(OH)2来搭，具体多少层是Mg(OH)2需要你查那些研究Mg表面和水反应的文献来确定，搞不好可能Mg(OH)2有至少好几nm厚，那样你就得直接用Mg(OH)2本体来建模了，没有Mg什么事了。

文申的量子化学 · 发表于 Post on 2022-7-13 21:00:09

ABetaCarw 发表于 2022-7-13 18:08
建议自己多找几篇文献看看人家是怎么搭建类似模型的
建议给基底材料连上键然后冻结底层
建议看看各部分 ...

我再认真思考思考

ABetaCarw · 发表于 Post on 2022-7-13 18:08:05

建议自己多找几篇文献看看人家是怎么搭建类似模型的
建议给基底材料连上键然后冻结底层
建议看看各部分的力场参数有没有指定错误，尤其是水和那个含C的物质
建议检查是不是有什么奇怪的约束条件没有去除
最后吐槽一句，这种体系你怎么敢由力场指定电荷的？

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