求助：molclus结合mopac做优化

air18238016558 · 发表于 Post on 2022-7-28 09:48:01

本帖最后由 air18238016558 于 2022-7-28 11:17 编辑

求助：卢老师，您好，有两个问题想请教您：1. 我按照您的贴子，通过molclus+mopac计算两种不同的分子结合后不同构型的结构优化，寻找结合能最低的构型，结果发现：两个不同的分子按1:1结合可以正常计算；但是按1:4结合后，就总是显示“cannot found MOPAC.arc，the task may be failed"。
2. 通过molclus+mopac计算成功后找到的能量最低的构型，发现两个不同分子上的两个碳原子会连在一起，按理说，不同分子上的碳原子是不会结合的。谢谢卢老师！

air18238016558 · 发表于 Post on 2022-8-11 09:44:57

计算能量都是用的mopac，产生molclus的初猜结构是其自带的genmer，参数都是默认的

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-11 07:32:01

air18238016558 发表于 2022-8-5 11:40
各位大佬们，现在上面的问题已经解决，但是现在又出现一个问题：通过人为改变一下两个不同分子的放置位置（ ...

没细节没法说
要么计算能量的级别不同，要么产生molclus初猜结构的方式不当，导致漏了重要的初猜结构

air18238016558 · 发表于 Post on 2022-8-5 11:40:19

各位大佬们，现在上面的问题已经解决，但是现在又出现一个问题：通过人为改变一下两个不同分子的放置位置（把两个不同分子通过某种分子间作用力结合）后计算得到的能量比molclus结合mopac优化后得到的200个构型中具有最低能量的构型的能量要低？按理说通过molclus结合mopac优化后得到的200个构型中具有最低能量的构型应该是能量最低的团簇构型，求助各位指点。

air18238016558 · 发表于 Post on 2022-7-29 10:54:18

chands 发表于 2022-7-28 19:10
那个不含氮的分子是不是少了个氢？我猜你不是算自由基。

是的是的，漏掉了一个氢原子，已经加上，非常感谢！

chands · 发表于 Post on 2022-7-28 19:10:10

那个不含氮的分子是不是少了个氢？我猜你不是算自由基。

air18238016558 · 发表于 Post on 2022-7-28 16:07:56

MOPAC.out已上传，这是1:2的情况下算的，也是出现cannot found MOPAC.arc

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-28 14:43:16

上传mopac的输出文件

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