cp2可以用slow-growth方法来算能垒吗？遇到了一些问题，请大家帮忙。

sunhao · 发表于 Post on 2022-8-3 11:45:38

cp2k的官网有NaCl解离过程自由能变化的例子，用的是PMF方法。但是这种方法较麻烦，想尝试用slow-growth方式试试同样的例子,对比一下两种方法结果的差别。
但官网中似乎没有用slow-growth计算自由能变的例子，自己找了找manual，在.inp文件中加入了TARGET_GROWTH （0.0005angstrom/fs）参数进行了计算，提取.LagrangeMultLog文件中的Shake进行画图积分，出现了问题：
当Na和Cl逐渐远离后，受力不没有衰减到0附近，而是一直维持在一个负值，导致积分之后的自由能在Na和Cl距离很远时也没有趋于平滑，而是线性上升。。

.inp文件如下

nacl-gas-md.inp (2.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 240)
具体结果如图所示

1.tif (71.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 197)

所以，想请教各位老师：1.cp2k适合用slow-growth方法吗？
2.我的参数设置有误吗？
3.还是后处理方法不对？
请大佬解惑。

ZQing · 发表于 Post on 2025-11-20 21:45:51

您好，请问对于这个问题您现在有什么解决方法了吗？

ZQing · 发表于 Post on 2025-11-19 10:12:51

请问楼主搞清楚原因了吗？我最近也遇到了相同的问题

一枚小白 · 发表于 Post on 2025-9-5 17:32:12

Bob-Black 发表于 2025-6-28 14:39
老师们，我现在研究H原子迁移问题，CP2K的慢生长方法，轨迹上没有问题，现在用Plumed提取了CV变化值，在Ori ...

shake乘子要取负值去积分作图

Bob-Black · 发表于 Post on 2025-6-28 14:39:54

老师们，我现在研究H原子迁移问题，CP2K的慢生长方法，轨迹上没有问题，现在用Plumed提取了CV变化值，在Oringin里对shake拉格朗日乘子进行了积分，但是自由能曲线很诡异，有没有大佬留个联系方式交流一下，给点意见。

sunhao · 发表于 Post on 2024-9-27 20:58:59

Janson 发表于 2023-11-2 15:48
同问楼主，slowgrowth最后不为0，解决了吗？

没有解决。没时间反复测试了找原因了。。。太花时间了。。

sunhao · 发表于 Post on 2024-9-27 20:57:56

刘烟-ABC 发表于 2024-6-14 14:38
请问楼主顺利拿下cp2k-slow growth 了吗？

没有，还是一个点一个点的算

刘烟-ABC · 发表于 Post on 2024-6-14 14:38:25

请问楼主顺利拿下cp2k-slow growth 了吗？

Janson · 发表于 Post on 2023-11-2 15:48:40

同问楼主，slowgrowth最后不为0，解决了吗？

chen0201 · 发表于 Post on 2023-11-1 17:11:19

请问楼主成功用cp2k跑slow-growth了吗

做一头安静的猪 · 发表于 Post on 2023-7-3 19:58:45

sunhao 发表于 2022-11-30 21:43
是的，就是这样

好的。谢谢。

sunhao · 发表于 Post on 2022-11-30 21:44:05

charliechan 发表于 2022-11-16 06:41
请问提取shake进行画图积分的script能show一下吗？还有您的问题解决了吗？

手动提取

sunhao · 发表于 Post on 2022-11-30 21:43:29

yxzinc 发表于 2022-11-2 20:46
试试0.0002？

好的，有空可以试试

sunhao · 发表于 Post on 2022-11-30 21:43:12

做一头安静的猪发表于 2022-10-26 19:35
请问这位同学怎么用.LagrangeMultLog文件中的Shake进行画图积分？提取每一行的shake吗？

是的，就是这样

charliechan · 发表于 Post on 2022-11-16 06:41:05

请问提取shake进行画图积分的script能show一下吗？还有您的问题解决了吗？

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