cp2可以用slow-growth方法来算能垒吗？遇到了一些问题，请大家帮忙。

sunhao · 发表于 Post on 2022-8-3 11:45:38

cp2k的官网有NaCl解离过程自由能变化的例子，用的是PMF方法。但是这种方法较麻烦，想尝试用slow-growth方式试试同样的例子,对比一下两种方法结果的差别。
但官网中似乎没有用slow-growth计算自由能变的例子，自己找了找manual，在.inp文件中加入了TARGET_GROWTH （0.0005angstrom/fs）参数进行了计算，提取.LagrangeMultLog文件中的Shake进行画图积分，出现了问题：
当Na和Cl逐渐远离后，受力不没有衰减到0附近，而是一直维持在一个负值，导致积分之后的自由能在Na和Cl距离很远时也没有趋于平滑，而是线性上升。。

.inp文件如下

nacl-gas-md.inp (2.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 130)
具体结果如图所示

1.tif (71.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 134)

所以，想请教各位老师：1.cp2k适合用slow-growth方法吗？
2.我的参数设置有误吗？
3.还是后处理方法不对？
请大佬解惑。

liuhang0728 · 发表于 Post on 2022-8-7 19:39:44

我觉得是因为Na和Cl之间有静电作用，这个力衰减得很慢

neocc · 发表于 Post on 2022-8-8 00:28:04

同问~
CP2K的metadynamics太慢了，虽然FES很香

sunhao · 发表于 Post on 2022-8-8 09:59:08

liuhang0728 发表于 2022-8-7 19:39
我觉得是因为Na和Cl之间有静电作用，这个力衰减得很慢

我觉得可能不是这个原因
因为：
1.用PMF方法，na和cl在相距6angstrom左右时，受力逐渐趋于0，能量曲线趋于平缓
2.我上图的力没有衰减的趋势，而是在一个负值稳定下来了。。所以能量就是直线上升。。

我觉得可能的原因是用slow-growth方法，原子有位移的速度，是不是需要对力修正一些什么东西。或者我的参数设置就是错的，自己在瞎搞。。

sunhao · 发表于 Post on 2022-8-8 09:59:59

neocc 发表于 2022-8-8 00:28
同问~
CP2K的metadynamics太慢了，虽然FES很香

是啊，感觉PMF和metaD计算量都太大了。。。

做一头安静的猪 · 发表于 Post on 2022-10-26 19:35:56

请问这位同学怎么用.LagrangeMultLog文件中的Shake进行画图积分？提取每一行的shake吗？

yxzinc · 发表于 Post on 2022-11-2 20:46:47

试试0.0002？

charliechan · 发表于 Post on 2022-11-16 06:41:05

请问提取shake进行画图积分的script能show一下吗？还有您的问题解决了吗？

sunhao · 发表于 Post on 2022-11-30 21:43:12

做一头安静的猪发表于 2022-10-26 19:35
请问这位同学怎么用.LagrangeMultLog文件中的Shake进行画图积分？提取每一行的shake吗？

是的，就是这样

sunhao · 发表于 Post on 2022-11-30 21:43:29

yxzinc 发表于 2022-11-2 20:46
试试0.0002？

好的，有空可以试试

sunhao · 发表于 Post on 2022-11-30 21:44:05

charliechan 发表于 2022-11-16 06:41
请问提取shake进行画图积分的script能show一下吗？还有您的问题解决了吗？

手动提取

做一头安静的猪 · 发表于 Post on 2023-7-3 19:58:45

sunhao 发表于 2022-11-30 21:43
是的，就是这样

好的。谢谢。

chen0201 · 发表于 Post on 2023-11-1 17:11:19

请问楼主成功用cp2k跑slow-growth了吗

Janson · 发表于 Post on 2023-11-2 15:48:40

同问楼主，slowgrowth最后不为0，解决了吗？

刘烟-ABC · 发表于 Post on 2024-6-14 14:38:25

请问楼主顺利拿下cp2k-slow growth 了吗？

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