双路双卡节点如何正确使用SLURM对Gromacs进行线程绑定？

snljty2 · 发表于 Post on 2022-8-9 17:03:23

机器配置是4214R双路，两块CPU每块都是12核24线程。有两张3080Ti显卡，0号显卡跟0号CPU主板上直连，1号显卡跟1号CPU直连。
作业系统是slurm 19.05.6版本。
在使用GPU加速版Gromacs的时候，经过测试发现如果只跑一个任务，-pin off比-pin on计算效率要低大约12%。由于没有NVLink，我们平时都是用一块CPU（12个核，thread-MPI + OpenMP版本，通常用-ntmpi 1 -ntomp 12）和一块GPU跑一个任务的，一个节点最多同时跑两个任务。如果用的CPU和GPU不是直连的，效率也会下降。

请问应该如何写SLURM脚本，使得每个任务都能自动内核绑定，而且用第0块GPU的时候全绑定在第0块CPU，第1块同理？直接改-pinoffset为0或者24感觉太不优雅而且很容易出现问题。谢谢！

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2024-9-7 20:18:05

本帖最后由 Entropy.S.I 于 2024-9-7 21:03 编辑

http://bbs.keinsci.com/thread-47879-1-1.html #5楼有对此贴的回应

snljty2 · 发表于 Post on 2024-8-14 15:19:27

angervlf 发表于 2024-8-14 11:07
想请问一下这个方法可以吗？因为我是自己组的电脑，现在只有一块gpu，想加一块不同型号的gpu，我想每次提 ...

你这个情况不一样。CUDA_VISIBLE_DEVICES是SLURM自动给分配的。建议设置好SLURM配置文件(默认/etc/slurm下)的slurm.conf和gres.conf，指定/dev/nvidia0和/dev/nvidia1分别叫什么名字的gres，然后提交作业脚本里面指定要用哪个名字的gres。

angervlf · 发表于 Post on 2024-8-14 11:07:25

snljty2 发表于 2022-8-12 18:05
谢谢王老师，在您的提示下我找到了一种方法，不知道是不是优雅。CUDA_VISIBLE_DEVICES这个环境变量是当前 ...

想请问一下这个方法可以吗？因为我是自己组的电脑，现在只有一块gpu，想加一块不同型号的gpu，我想每次提交任务的时候指定不同的gpu，一直没找到好的方法，想问一下这个方法，就是先指定CUDA_VISIBLE_DEVICES的编号，再提交slurm脚本，就可以实现想用哪个gpu用哪个了吗？

abin · 发表于 Post on 2022-8-12 19:23:49

我手边没有机器，没法测试。

cgroup 会把分派的资源锁定，
Slurm 会自动bind
具体取决于你的配置。

手册有详细描述。

能达到预期效果就好。

就是花时间调试。

snljty2 · 发表于 Post on 2022-8-12 18:05:54

abin 发表于 2022-8-9 18:43
不用手动指定。
具体查看Slurm GPU ，
也就是gres部分。

谢谢王老师，在您的提示下我找到了一种方法，不知道是不是优雅。CUDA_VISIBLE_DEVICES这个环境变量是当前shell允许使用的Nvidia的GPU编号。比如0,1,2,3。在SLURM提交脚本里指定比如#SBATCH --gres=gpu:3080ti:1，就是用1块之前配置文件里名字叫3080ti的GPU。这时候SLURM会自动把CUDA_VISIBLE_DEVICES指定为该分配给该脚本的GPU的编号。由于Gromacs这时候只能“看见”这一块GPU，所以gmx mdrun的参数-gpu_id这种情况下只能设成0。然后根据CUDA_VISIBLE_DEVICES的值设置相应的-pinoffset，对于我这种配置，开了超线程，就是-pinoffset ${CUDA_VISIBLE_DEVICES}*每路有多少线程。这样就可以按照我前面提到的进行绑定了。

abin · 发表于 Post on 2022-8-9 18:43:25

不用手动指定。
具体查看Slurm GPU ，
也就是gres部分。

你应该可以搞定的。

别看中文资料。

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[GPU加速] 双路双卡节点如何正确使用SLURM对Gromacs进行线程绑定？

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