求助：不同催化剂对离子中间体的自由能差异计算是否可以通过柔性扫描完成？

yucci_1111

各位老师好，我最近在计算一个反应机理，其中涉及到一个反应物在催化剂的影响下形成一个离子中间体与另一个反应物做反应（图：反应路径1），与不同的催化剂（图：催化剂）反应可能产生的自由能差值会不同，我想请问一下这种情况的话我是不是可以通过做不同催化剂的柔性扫描来完成？
另外还想请教老师们一个问题，对于另一个反应物（图：选择位点）来说，不同的催化剂对反应位点若存在选择性的话是否也可以通过自由能差值来体现？

yucci_1111

chands 发表于 2022-8-10 13:49
如果是这样，就跟你画的反应路径不一样。要画出（猜出）反应路径，再比较自由能垒。注意到可能有平行反应 ...

好的，非常感谢老师的答复😀

chands

yucci_1111 发表于 2022-8-10 13:41
谢谢老师的回复，关于问题二的话，因为反应的变量只有催化剂的不同，我的理解是不同的催化剂对反应物上两 ...

如果是这样，就跟你画的反应路径不一样。要画出（猜出）反应路径，再比较自由能垒。注意到可能有平行反应。

yucci_1111

chands 发表于 2022-8-10 13:22
对于PhC(O)NH-与酰胺的反应应该比较各个反应路径的自由能垒，即找过渡态

你是要比较不同碱OH-和tBuO-作 ...

谢谢老师的回复，关于问题二的话，因为反应的变量只有催化剂的不同，我的理解是不同的催化剂对反应物上两个位点的C有不同的选择性攻击，生成不同的离子中间体，再与另一个反应生成产物，这样的话也能通过计算平衡常数来实现吗？

chands

对于PhC(O)NH-与酰胺的反应应该比较各个反应路径的自由能垒，即找过渡态

你是要比较不同碱OH-和tBuO-作用下那个产率高？如果碱和PhC(O)NH2的平衡很快，就算一下平衡常数。