Dmol3计算energy报错

加班or不加班

Dmol3计算出现Message: DMol3 job failedError: DMol3 exiting
Message: License checkin of MS_dmol successful
***** Error *****
allocation failure: z4 in get_del1
Errors from parallel task 2:
***** Error *****
allocation failure: z4 in get_del1

请问各位大神，是什么原因？

shfxiong

wzkchem5 发表于 2023-1-22 17:59
如果你用的是windows，看任务管理器；如果你用的是linux，用free命令

好的。非常感谢！

wzkchem5

shfxiong 发表于 2023-1-21 13:07
好的。非常感谢您。我有些菜，还是没明白“计算所用节点上的物理内存”在哪个面板上可以看到？

如果你用的是windows，看任务管理器；如果你用的是linux，用free命令

shfxiong

wzkchem5 发表于 2023-1-21 00:07
先看你计算所用的节点上有多少物理内存，除以你计算所用核数，然后设成比这个数略小的值（例如比这个数小 ...

好的。非常感谢您。我有些菜，还是没明白“计算所用节点上的物理内存”在哪个面板上可以看到？

wzkchem5

shfxiong 发表于 2023-1-20 17:03
那在Job control面板上max. memory设置多少合适呢？

先看你计算所用的节点上有多少物理内存，除以你计算所用核数，然后设成比这个数略小的值（例如比这个数小20%）

shfxiong

卡开发发 发表于 2023-1-20 10:41
内存是平均每个核心的，有可能设置的值已经超过了实际计算设备的物理内存。

那在Job control面板上max. memory设置多少合适呢？

卡开发发

shfxiong 发表于 2023-1-19 23:24
遇到同样的问题。楼主解决问题了吗？

内存是平均每个核心的，有可能设置的值已经超过了实际计算设备的物理内存。

shfxiong

加班or不加班 发表于 2022-8-23 19:19
调大了max_memory，还是出现了计算错误
out文件：
Insufficient memory for this job:  

遇到同样的问题。楼主解决问题了吗？

加班or不加班

调大了max_memory，还是出现了计算错误
out文件：
Insufficient memory for this job:  
Requested:        79061.8, available:        94530.0
Message: DMol3 job failed
Error: DMol3 exiting
Error: failed allocating memory
Errors from parallel task 2:
Error: failed allocating memory
... Calling mpi_abort ...
Errors from parallel task 3:
Error: failed allocating memory

我设定的available的值大于requested的值，为啥是提示insufficient？

加班or不加班

含光君 发表于 2022-8-22 20:37
从input文件看，可以把symmtery取消勾选（如果你的结构没有对称性的话），Max_memory 调大试试。

谢谢！ 我试一下

含光君

从input文件看，可以把symmtery取消勾选（如果你的结构没有对称性的话），Max_memory 调大试试。

加班or不加班

含光君 发表于 2022-8-22 13:53
建议贴一下输入文件，包括结构文件和.input文件，交代清楚什么命令提交的计算

之前打错了，是进行Dmol3的结构优化时报的错
结构为酯类物质（C、H、O）
.input文件：
# Task parameters
Calculate                     optimize
Opt_energy_convergence        2.0000e-05
Opt_gradient_convergence      4.0000e-03 A
Opt_displacement_convergence  5.0000e-03 A
Opt_iterations                1000
Opt_max_displacement          0.3000 A
Symmetry                      on
Max_memory                    2048
File_usage                    smart
Scf_density_convergence       1.000000e-05
Scf_charge_mixing             2.000000e-01
Scf_diis                      6 pulay
Scf_iterations                200

# Electronic parameters
Spin_polarization             restricted
Charge                        0
Basis                         dnd
basis_version                 basfile_v4.4
Pseudopotential               none
Functional                    blyp
Aux_density                   hexadecapole
Dftd                          G06
Integration_grid              medium
Occupation                    thermal 0.0050
Cutoff_Global                 3.3000 angstrom
Kpoints                       off

# Calculated properties
Print_eigval_window           -1.d9
Plot                          homo
Plot                          lumo
Plot                          density
Plot                          potential
Plot                          fukuip
Plot                          fukuim
Plot                          fukui0
Mulliken_analysis             charge
Hirshfeld_analysis            charge
Frequency_analysis            on
Tddft                         12
Tddft_xc                      singlet_alda
Grid                          msbox  3 0.2500 0.2500 0.2500 3.0000

含光君

建议贴一下输入文件，包括结构文件和.input文件，交代清楚什么命令提交的计算