meta-dynamic中配位数公式的设定

ustbhh@126.com

各位大佬，最近在学习使用cp2k做meta-dynamic。遇到了一些问题希望可以帮忙解答。
①关于配位数公式中的N和M值该如何确定，看不同文献中的取值完全不同，怎么样才能测试，才能认定自己所选用的值是合理的？
②平衡键长比较好取，可接受距离又该如何判定呢。

谢谢大佬们的回答！

Njr.

moritaichi 发表于 2022-12-7 00:01
冒昧打扰丁老师，请教您一下， 如何在CP2K里设置do的值呢，我在手册里只看懂了r0的值，望不吝赐教，非常 ...

同学 你会了吗

moritaichi

moritaichi 发表于 2022-12-7 00:01
冒昧打扰丁老师，请教您一下， 如何在CP2K里设置do的值呢，我在手册里只看懂了r0的值，望不吝赐教，非常 ...

又仔细看了一下手册，请问是LAMBDA这个关键词嘛

moritaichi

ustbhh@126.com 发表于 2022-9-2 11:02
丁老师，所以就是画出这个图，选取y=0.5时斜率最大的组合吗？

冒昧打扰丁老师，请教您一下， 如何在CP2K里设置do的值呢，我在手册里只看懂了r0的值，望不吝赐教，非常感谢

ustbhh@126.com

丁越 发表于 2022-10-19 11:09
曲线y坐标值是多少配位数值就是多少啊。当X坐标值较小时的那段非常接近1

好的，谢谢丁老师

丁越

ustbhh@126.com 发表于 2022-10-19 10:32
在平衡键长左边的，即使曲线值小于1，也是认为是1吧？

曲线y坐标值是多少配位数值就是多少啊。当X坐标值较小时的那段非常接近1

ustbhh@126.com

丁越 发表于 2022-10-19 09:07
不是，你看（6/12）那条线，CV=1.5时配位数值为0.5

在平衡键长左边的，即使曲线值小于1，也是认为是1吧？

丁越

ustbhh@126.com 发表于 2022-10-18 21:49
丁老师，想问您一个问题。plumed中在判断配位数的时候，是不是默认小于平衡键长的位置均配位数为1呢。因 ...

不是，你看（6/12）那条线，CV=1.5时配位数值为0.5

ustbhh@126.com

丁越 发表于 2022-9-2 09:41

丁老师，想问您一个问题。plumed中在判断配位数的时候，是不是默认小于平衡键长的位置均配位数为1呢。因为图中左边在图中显示都小于1了

ustbhh@126.com

丁越 发表于 2022-9-2 09:41

丁老师！
我现在的理解是，根据对应原子选择好d0和ro，然后再去画图测定n和m，已得到正确的判断配位数的范围，不知道这样理解是不是正确的呢？》

丁越

这是绘制配位数曲线的gnuplot脚本，你自己画画看

1. set term pngcairo enhanced font 'Helvetica,14'
   
2. set output 'coordination.png'
   
3. set ylabel 'Coord. Num.' offset 0.2,0 font "Helvetica,16"
   
4. set xlabel 'CVs' font "Helvetica,16"
   
5. set border lw 2
   
6. set xtic -5,1,5 nomirror out scale 0.8 font "Helvetica,14"
   
7. set ytic 0,0.3,1.5 nomirror out scale 0.8 font "Helvetica,14"
   
8. set xrange [-5:5]
   
9. set yrange [0.0:1.5]
   
10. 
    
11. set style line 1 lw 2 lc rgb '#E64B35'
    
12. set style line 2 lw 2 lc rgb '#4DBBD5'
    
13. set style line 4 lw 2 lc rgb '#3C5488'
    
14. set style increment userstyles
    
15. 
    
16. y(x)=(1-(x/1.5)**6)/(1-(x/1.5)**12)
    
17. h(x)=(1-(x/1.5)**4)/(1-(x/1.5)**12)
    
18. k(x)=(1-((x-0.5)/1.5)**6)/(1-((x-0.5)/1.5)**12)
    
19. set yzeroaxis lt -1 dt 2 lw 1.5
    
20. set arrow from -3,0.5 to 3,0.5 nohead lt -1 dt 2 lw 1.5
    
21. set label 'r0=1.5' at 2,1.1
    
22. set label 'y=0.5' at -3,0.45
    
23. plot \
    
24.         y(x) w l ls 1 t '6/12 \& d0=0' ,\
    
25.         h(x) w l ls 2 t '4/12 \& d0=01' ,\
    
26.         k(x) w l ls 4 t '6/12 \& d0=0.5'
    

复制代码

丁越

ustbhh@126.com 发表于 2022-9-2 11:02
丁老师，所以就是画出这个图，选取y=0.5时斜率最大的组合吗？

不是，这个图就是下面公式我给取了不同参数值得到的函数变化情况，你应当结合自己体系的配位数变化选择合适的参数，不能直接套用。
比如选取平衡距离R0，你可以先跑一段时间的动力学，然后测量这个R0大致在什么范围内，然后再去选个合适的R0值进行测试NN,MM等参数。

zjxitcc

Daniel_Arndt 发表于 2022-9-2 13:29
很多情况下，collective variable都是一个case by case的问题。我之前还遇到过一个协同反应，体系中的两个 ...

“一个协同反应，体系中的两个原子间在反应前没有成键，反应后是双键的”请问有DOI或文章标题么？感谢

Daniel_Arndt

很多情况下，collective variable都是一个case by case的问题。我之前还遇到过一个协同反应，体系中的两个原子间在反应前没有成键，反应后是双键的。那样的情形，直接生搬硬套别的文章里的东西，很容易出问题。

你首先该想明白的是你关心的是体系中什么样的变化。然后再想coordination number怎么取才合适。

ustbhh@126.com

丁越 发表于 2022-9-2 09:41

丁老师，所以就是画出这个图，选取y=0.5时斜率最大的组合吗？