小体系是否加抗衡离子的问题

chands · 发表于 Post on 2022-9-8 10:52:55

各位，
最近要模拟一个阴离子和中性分子在水溶液中反应的体系，小体系（阴离子+中性分子+10个水分子左右）和大体系（阴离子+中性分子+水盒子）都算一算，跑一下MD。我的理解是小体系不需要加抗衡离子，因为实际水溶液中阴阳离子也不见得挨这么近，大体系最好加抗衡离子，因为实际水溶液毕竟是电中性的，抗衡离子可以放远点。不知理解对不对，欢迎提意见建议。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-11-21 22:46:33

han- 发表于 2022-11-21 15:20
老师您好，我有一个问题想请教一下：
我近期在模拟固体熔融时的离子反应，这个抗衡离子该如何添加？
是直 ...

在离子附近添加，和离子之间最近的距离约等于范德华半径之和

han- · 发表于 Post on 2022-11-21 22:20:03

老师您好，我有一个问题想请教一下：
我近期在模拟固体熔融时的离子反应，这个抗衡离子该如何添加？
是直接在离子附近添加嘛？那样不是会直接成键，不就成了分子了吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-9-9 14:43:57

k64_cc 发表于 2022-9-9 04:16
如果是周期性classical MD的话，电中性是必要的，Ewald Summation有这个要求。

AIMD/cluster/noPBC计算 ...

楼主应该问的是，不加抗衡离子对精度有没有负面影响，而不是是否会让计算无法进行。非PBC条件下体系不是电中性不影响计算，但可能影响计算精度

k64_cc · 发表于 Post on 2022-9-9 13:50:41

chands 发表于 2022-9-9 12:59
谢谢！你说的classical MD是带力场的MD？周期性AIMD也没电中性要求吗？

我不熟QM里的Ewald Sum，原理上应该都有中性的问题，但是不知道目前的软件是怎么搞的。带电荷的AIMD好多人都在跑，所以或许也是有方案的吧。

chands · 发表于 Post on 2022-9-9 12:59:29

k64_cc 发表于 2022-9-9 11:16
如果是周期性classical MD的话，电中性是必要的，Ewald Summation有这个要求。

AIMD/cluster/noPBC计算 ...

谢谢！你说的classical MD是带力场的MD？周期性AIMD也没电中性要求吗？

k64_cc · 发表于 Post on 2022-9-9 11:16:21

如果是周期性classical MD的话，电中性是必要的，Ewald Summation有这个要求。

AIMD/cluster/noPBC计算无所谓。

chands · 发表于 Post on 2022-9-8 19:04:57

wzkchem5 发表于 2022-9-8 15:53
我觉得最保险的方法是小体系大体系都做两个计算，一个加抗衡离子，一个不加，然后通过Gibbs自由能判断小体 ...

谢谢！我都试试。

chands · 发表于 Post on 2022-9-8 19:04:32

牧生发表于 2022-9-8 12:42
我的理解是，溶液里面，无论体系大小，保持电中性一定不会错。

谢谢！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-9-8 15:53:05

我觉得最保险的方法是小体系大体系都做两个计算，一个加抗衡离子，一个不加，然后通过Gibbs自由能判断小体系和大体系分别是否结合抗衡离子。要不然的话，万一算出来小体系和大体系的结果非常接近，不好说两者的差别是确实存在，还是因为抗衡离子处理方式的差异造成的

牧生 · 发表于 Post on 2022-9-8 12:42:05

本帖最后由牧生于 2022-9-8 12:43 编辑

我的理解是，溶液里面，无论体系大小，保持电中性一定不会错。

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[综合交流] 小体系是否加抗衡离子的问题

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